1.2/2 Čárový kód života – utopie či realita? Srovnávací studie molekulárních markerů na příkladu čeledi sítinovitých
Anotace: Pojmenování a klasifikace druhů ve fylogenetickém kontextu, tedy odrážejícím vzájemné evoluční vztahy, je snahou vědců již od dob C. Linného a Ch. Darwina.V současné době s rostoucím poznáním složitosti a zajímavosti evolučních procesů a dynamickým vývojem molekulárních technik existují pokusy o zjištění a následnou klasifikaci organismů pouze na základě molekulárních markerů. Čárový kód života (Barcode of Life) vyžaduje standardní úsek, resp. úseky DNA, jako nástroj pro identifikaci druhů. V současné době pracuje celá řada skupin vědců v jednotlivých oborech biologie na nalezení těchto úseků vhodných pro rozlišení druhů u savců, ptáků, ryb, rostlin a dalších skupin organismů. Navrhovaný projekt je zaměřen na studium několika vybraných molekulárních markerů pro výběr vhodné kombinace rozlišujících rody, podrody, sekce a jednotlivé druhy čeledi sítinovitých (Juncaceae). Student či studentka se zájmem o toto téma by měli disponovat základními znalostmi z biologie, být schopní samostatné práce a uvažování a měli by mít chuť pracovat v laboratoři i v terénu. Práce bude probíhat v Botanickém ústavu AVČR a v Ústavu molekulární genetiky AVČR, kde se studenti seznámí s prací s rostlinami a se základy molekulárních technik, především užívaných při studiu evoluce rostlin a s počítačovými programy vhodnými pro vyhodnocování dat a rekonstrukci fylogeneze a evoluce.
Lektor: RNDr. Lenka Záveská Drábková, Ph.D.
Botanický ústav AV ČR v.v.i. ,Vědeckovýzkumný úsek Průhonice, Praha
1.4/2 Vliv prostředí, ve kterém rostla mateřská rostlina, na růst jejího potomstva
Anotace: Je známo, že růst potomstva je ovlivněn v závislosti na podmínkách prostředí, ve kterých vyrůstala jejich matka například tak, že rostliny pocházející z prostředí živinami chudého rostou lépe v živinami chudém prostředí než potomci matky, která vyrostla v prostředí živinami bohatém. Cílem práce bude zjistit, zda tento efekt lze pozorovat i u klonálních rostlin.
Lektor: RNDr. Vít Latzel, Ph.D.
Botanický ústav AV ČR v.v.i. ,Vědeckovýzkumný úsek Třeboň
1.5/2 Investice bylinných lián do stonků
Anotace: Liány jsou strukturní paraziti, kteří parazitují na strukturách jiných rostlin a tím šetří limitující zdroje. Jak se tato strategie projevuje na rozložení biomasy do různých orgánů? Investují méně do stonků než ostatní byliny? Měření bude probíhat na rostlinách odebraných v přírodě.
Lektor: doc. RNDr. Jitka Klimešová, CSc.
Botanický ústav AV ČR v.v.i.,Vědeckovýzkumný úsek Třeboň
1.6/2 Růstové rychlosti terestrických a vodních masožravých rostlin: srovnání s nemasožravými (práce s literárními údaji)
Anotace: Relativní růstové rychlost (RGR) je důležitou ekologickou charakteristikou každé rostliny, která pomáhá určovat ekologickou strategii rostliny a která je příčinou i důsledkem řady ekofyziologických vlastností rostliny. Obecně se soudí, že masožravé rostliny rostou pomalu jako S stratégové, ale zapomíná se vodní druhy, které naopak rostou velmi rychle, takže tato charakteristika by měla platit jen pro terestrické druhy. Celkově však je dosti málo literárních údajů pro RGR u obou ekologických skupin masožravých rostlin. Cílem této kompilační studie je shromáždit veškeré existující údaje o růstové rychlosti u masožravých rostlin a srovnat terestrické a vodní druhy a tyto údaje srovnat s literárními údaji pro nemasožravé rostliny z literatury.
Lektor: RNDr. Lubomír Adamec, CSc.
Botanický ústav AV ČR v.v.i., Vědeckovýzkumný úsek Třeboň
1.8/2 Mikroflóra nádrží ve sbírce vodních rostlin BÚ
Anotace: Sbírka vodních a bažinných rostlin BÚ AVČR v Třeboni je jednou z významných sbírek Evropy. V řadě nádob s vodními rostlinami žijí samozřejmě i sinice i řasy a je pozoruhodné, že jsou to často vzácné druhy. Zatím ale chybí systematické zpracování sbírky z pohledu algologického. Výsledky by bylo možno zařadit do katalogu vyšších rostlin. Také pro školy by byla výhodná možnost sebrat si během roku vzorky zajímavých řas pro demonstrace ve škole.
Lektor: RNDr. Jaromír Lukavský, CSc.
Botanický ústav AV ČR v.v.i., Vědeckovýzkumný úsek Třeboň
1.9/2 Srovnání planktonní mikroflóry rybníků Opatovický a Svět
Anotace: Terénní odběry a určování řas v laboratoři.
Lektor: RNDr. Jaromír Lukavský, CSc.
Botanický ústav AV ČR v.v.i.,Vědeckovýzkumný úsek Třeboň
1.10/2 Indukovaná variabilita zelené vláknité řasy Stigeoclonium subsecundum
Anotace: Stigeoclonium subsecundum je běžnou vláknitou řasou eutrofních vod. Pro jeho značnou morfologickou variabilitu by bylo užitečné znát limity, kterých může tento organismus dosáhnout a tím lépe vymezit jeho popis. Laboratorní studie.
Lektor: Mgr. Lenka Caisová
Botanický ústav AV ČR v.v.i. ,Vědeckovýzkumný úsek Třeboň
1.27/2 Jak se mění genetická struktura populací v čase
Anotace: Pomocí 1-3 molekulárních markerů vyhodnotit změnu genetické struktury vybraných lokalit z myší hybridní zóny v horizontu cca10let. Práce bude zahrnovat literární přehled (myš domácí, hybridní zóny, genetická struktura a variabilita v populacích), práce s daty, práce v molekularní laboratoři (základní molekulární techniky). Určeno na dva roky studia.
Lektor: Mgr. Petra Dufková
Ústav biologie obratlovců, v.v.i., Oddělení populační biologie v Koněšíně (okr. Třebíč)
1.31/2 Agresivita a myš domácí
Anotace: Agresivita je důležitá pro přežití a reprodukci mnoha živočichů, obzvláště u sociálně žijících druhů jako je myš domácí, kde se uplatňuje v nastavení hierarchického systému. Určuje postavení dominantních jedinců, kteří se přednostně rozmnožují, obsazují teritoria a zdroje potravy. Agresivita je ovlivněna mnoha faktory na úrovni genů nebo prostředí. Mezi faktory prostředí patří i vliv rodičů na mláďata. Navrhovaný experiment bude testovat, do jaké míry je agresivita potomstva ovlivněna přítomností otce během období kojení až po odstavení mláďat. Z praktického hlediska se bude jednat o sérii behaviorálních experimentů s následným vyhodnocením.
Lektor: RNDr. Barbora Vošlajerová , roz. Bímová, Ph.D.
Ústav biologie obratlovců, v.v.i., Oddělení populační biologie v Koněšíně (okr. Třebíč)
1.32/2 Zdravotní stav soliterních stromů
Anotace: V české krajině najdeme mnoho soliterních stromů, které naši předkové vysazovali na krajích polí, křižovatkách a jiných významných místech. V sousedství těchto stromů se vystřídaly nejrůznější zemědělské plodiny, navštívilo je každý rok množství nejrůznějšího hmyzu. Mohlo se stát, že strom byl infikován nejrůznějšími patogeny a stal se postupně jejich rezervoárem. Chceme prostudovat zdravotní stav několika vybraných soliterních stromů z hlediska obsahu rostlinných virů. Základní testovací metodou bude namnožení úseků virových genomů in vitro pomocí specifických oligonukleotidů, jejich sekvenování a identifikace srovnáním se světovými databázemi.
Lektor: doc. RNDr. Petrzik Karel, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav molekulární biologie rostlin, České Budějovice
1.33/2 Fyziologie hmyzu - studium hmyzích metabolických hormonů
Anotace: Projekt se zabývá studiem úlohy hmyzích stresových tzv. adipokinetických hormonů (AKH), které ovlivňují především hmyzí metabolismus a procesy s ním související. Jako modelový druh slouží ploštice ruměnice pospolná (Pyrrhocoris apterus), saranče stěhovavá (Locusta migratoria) a předpokládá se také využití některých volně žijících druhů ploštic. Experimentální část bude zaměřena na studium vlivu AKH na mobilizaci energetických zdrojů, vliv na příjem potravy a trávicí procesy, reprodukci případně bude studovat vztah AKH k jiným hmyzím hormonům.
Lektor: doc. RNDr. Kodrík Dalibor, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Entomologický ústav, České Budějovice
1.34/2 Ekologie a evoluční ekologie dravého vodního hmyzu (laboratorní a terénní experimenty, modelování, analýza dat)
Anotace: Kdo je dravec a kdo je kořist? Dravý vodní hmyz (vodní brouci, ploštice, larvy vážek) představuje v malých vodních nádržích bez ryb často vrcholové predátory, ale jejich vzájemné potravní vztahy jsou málo známy. Úkolem stáže bude provést jednoduché laboratorní nebo mesokosmové pokusy zaměřené na intraguild predaci a kanibalismus u vybraných druhů a pomoci tak objasnit mechanismy regulující jejich populace v přírodě
Lektor: Ing. David Boukal, Ph.D.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Entomologický ústav, České Budějovice
1.35/2 Matematické modelování v populační a evoluční ekologii vodních bezobratlých
Anotace: Matematické modely patří mezi moderní nástroje evoluční ekologie. V návaznosti na další aktivity školitele a jeho pracoviště (včetně řady spoluprací se zahraničím) stážista/stážistka vytvoří jednoduchý simulační model životní cyklu vybrané skupiny vodních bezobratlých (varianty: jazyk C, C++, R, program Mathematica).
Lektor: Ing. David Boukal, Ph.D.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Entomologický ústav, České Budějovice
1.39/2 Ekologie herbivorního hmyzu na vrbách
Anotace: Věčný souboj rostlin s herbivorním hmyzem patří k nejvýznamnějším ekologickým vztahům na naší planetě a tímto tématem se zabývá řada vědců. Tradičně se za nejdůležitější faktor ovlivňující potravní specializaci herbivorního hmyzu považuje chemické složení rostlin. V poslední době přibývá i řada prací zkoumající vliv fylogeneze hostitele. Kvantitativně byly však podobné výzkumy realizovány především v tropech a z mírného pásu je k dispozici překvapivě málo dat. Cílem naší práce tak bude je získat. Výzkum probíhá na vrbách, které jsou po chemické stránce velmi dobře chráněné a zároveň jsou i naším nejbohatším rodem stromů. To nám umožňuje studium a porovnání vlivu příbuznosti a chemického složení na herbivorní hmyz (v našem případě brouky, motýli a pilatky). Ke získání výsledků budeme používat moderní molekulární metody a statistické analýzy, jejichž znalost se vám v budoucnu určitě neztratí. Zároveň si ale užijeme i klasické entomologie při určování sebraného hmyzu a na své si dozajista přijdou i ti, kdo dávají před lezoucími breberkami přednost rostlinám.
Lektor: Martin Volf
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Entomologický ústav, České Budějovice
1.40/2 Ekologie koprofágních brouků
Anotace: Na koprofágní brouky je nahlíženo různě, některým lidem se hnusí, někteří se nad jejich životem pousmějí. Najdou se však i lidé, kteří proniknou skrze konzervativní oponu lidského názor o podřadnosti těchto tvorů pracujících s fekálním materiálem. A právě tito lidé dnem ode dne více žasnou nad pozoruhodným chováním těchto zajímavých zvířat. Stejně tak činili staří Egypťané a desítky vědců po nich. Náplní kurzu bude včetně základní ekologie také etologie – především o spolupráci partnerů a péči o potomstvo, a také vztah těchto brouků k lidem – náboženský, parazitický a shrnutí spolupráce mezi lidmi a těmito brouky.V praxi probíhá výzkum na sukcesi, tj. jak se mění společenstvo tuzemských brouků v rámci potravního zdroje - zkoumání závislostí výskytu brouků na možné konkurenci mezi druhy, které mají stejné nároky.
Lektor: František Sládeček
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Entomologický ústav, České Budějovice
1.45/2 Mikrobiální aspekty tvorby tzv. skleníkových plynů v půdě a emise těchto plynů do atmosféry
Anotace: Půdy představují významný zdroj skleníkových plynů. Tato problematika se studuje v Ústavu půdní biologie BC AV ČR již dlouhou dobu, a to jak v rámci projektů GA ČR a GA AV ČR, tak i ve spolupráci s podobně orientovanými zahraničními pracovišti. Student se stane členem výzkumného týmu, který řeší problematiku tvorby a spotřeby metanu v půdě a v suchozemském ekosystému a problematiku emisí metanu, oxidu dusného a oxidu uhličitého. Podle znalostí a schopností studenta bude definován přiměřeně náročný podprojekt, který se student pokusí vyřešit pod vedením vědeckého pracovníka. Cílem je, aby student poznal hlavní zásady vědecké práce, naučil se provádět vybrané analýzy a byl schopen získané výsledky zpracovat a vyhodnotit. Za pomoci vedoucího na závěr připraví prezentaci výsledků a jejich interpretaci. K tomu student prostuduje přidělenou literaturu a sepíše krátkou zprávu o svém podprojektu, případně připraví jiné výstupy podle požadavků programu.
Lektor: prof. Ing. Šimek Miloslav, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav půdní biologie, České Budějovice
1.46/2 Ekologické vazby půdních vířníků (Rotifera)
Anotace: Půdní vířníci (Rotifera) jsou skupinou organismů, běžně se vyskytující prakticky ve všech typech půd, kde žijí semiakvatickým způsobem života (hydrobionti). Druhová diversita a abundance půdních populací závisí na mnoha ekologických faktorech, mimo jiné i na půdní vodě a teplotě. Cílem práce je zjistit početnost a druhové složení společenstva na dané lokalitě a hledat jejich souvislost s ekologickými podmínkami prostředí, především s vlhkostí a teplotou.
Lektor: RNDr. Miroslav Devetter, PhD.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav půdní biologie, České Budějovice
1.47/2 Role želvušek (Tardigrada) v půdních společenstvech
Anotace: Želvušky (Tardigrada) patří mezi typické organismy půdy, mechu a rozkládající se organické hmoty. Jsou převážně dravé a za nepříznivých podmínek přecházejí do stavu anabiózy. Cílem práce je rozbor taxonomického složení společenstva na zvolené lokalitě, zjištění jejich početnosti a změn během zvoleného časového úseku. Vzorky z terénu budou extrahovány pomocí Baermannových nálevek vytvořeny trvalé preparáty a determinovány.
Lektor: RNDr. Miroslav Devetter, PhD.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav půdní biologie, České Budějovice
1.48/2 Sekundární sukcese společenstev půdních roztočů – pancířníků (Acari: Oribatida)
Anotace: Půdní roztoči ze skupiny pancířníci se podílejí přímo nebo nepřímo na všech hlavních procesech probíhajících v půdě, jsou významnými stimulátory a vektory kolonizace půdy půdní mikroflorou. Hrají významnou roli v koloběhu živin a stimulaci sukcese půdních hub. Významně napomáhají sekundární dekompozici rostlinných zbytků. Výskyt v široké škále prostředí ve vysoké druhové diversitě činí z pancířníků velmi dobrý referenční materiál pro studium přirozených sukcesních změn biotopů, ale také pro bioindikaci změn v půdě způsobených činností člověka. Student se v průběhu práce seznámí s metodikou odběrů půdních vzorků, jejich extrakce na Tullgrenových fototermoeklektorech a naučí se základům determinace druhů osidlujících různá stadia sekundární sukcese na dlouhodobě sledovaných plochách. Schopnost determinace pancířníku bude moci dále využít v bioindikačních studiích vlivu lidské činnosti na přírodu.
Lektor: RNDr. Josef Starý, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav půdní biologie, České Budějovice
1.49/2 Ekologie, potravní vztahy a rozkladná činnost mnohonožek (Diplopoda)
Anotace: Mnohonožky (třída Diplopoda) jsou většinou drobní bezobratlí živočichové. Tělesné rozměry našich zástupců se pohybují od několika milimetrů do 3 až 4 cm. Pro mnohonožky je v převážné většině charakteristické protáhlé tělo tvořené větším počtem článků (v dospělosti 19 až 60 i více), přičemž většina z nich nese dva páry kráčivých končetin. Mnohonožky obývají svrchní vrstvy půdy, rostlinný opad, tlející dřevní hmotu, mohou být nalézány i pod kůrou. Jsou charakteristické především pro lesní půdy, nevyhýbají se však ani travnatým biotopům a orným půdám. Řada druhů proniká i do zahrad a skleníků a občas se stává, že se substrátem bývají přeneseny i do terárií a květináčů v bytech. Živí se převážně mrtvým organickým materiálem rostlinného původu, tj. opadem bylin, travin a dřevin i rozkládajícím se dřevem. Mohou selektivně spásat např. nárosty mikroskopických hub, živí se i dalšími půdními mikroorganismy. Některé druhy požírají i zbytky živočišných těl nebo živé tkáně rostlin. Mnohonožky významně přispívají k rozkladu odumřelé organické hmoty, především rostlinného opadu v lesních ale i v lučních ekosystémech. Tento materiál především rozmělňují a částečně natravují a napomáhají jeho přemísťování v nejsvrchnějších vrstvách půdy. Do značné míry využívají jako potravu přítomné mikroorganismy a svojí aktivitou stimulují mikrobiální procesy v opadu a půdě. Mnohonožky jsou tedy významné v rozkladných a půdotvorných procesech. Jejich potravní a rozkladnou aktivitu lze poměrně dobře sledovat v laboratorních podmínkách, ať už jde o pouhé mechanické rozmělňování opadu, selektivní výběr potravy, změny v potravních nárocích během životního cyklu, produkci snadno detekovatelných exkrementů, či složitější vztahy s ostatními půdními organismy.
Lektor: RNDr. Karel Tajovský, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav půdní biologie, České Budějovice
1.50/2 Biologie, ekologie a fyziologie půdních řas a sinic
Anotace: Řasy a sinice patří mezi velmi důležité, ale stále ještě málo známé půdní organizmy. Studenti si budou moci vybrat dle jejich zájmu témata v rámci následujících okruhů. Analýza společenstev řas a sinic v půdách extrémních biotopů (např. polárních, pouštních, výsypky, jeskyně, apod.) a jejich úloha při kolonizaci nově vzniklých substrátů (odběry vzorků, kvantifikace, izolace, kultivace a identifikace řas a sinic, světelná a fluorescenční mikroskopie). Studium životních cyklů (morfologická variabilita, rozmnožování) významných či nových druhů. Studium růstových limitů (min., max., optima) a mechanizmů přežívání vybraných druhů řas a sinic izolovaných z různých klimatických oblastí (polární, tropické, mírné pásmo) pomocí aparatury zkřížených gradientů teploty, světla, živin. Řasy sinice jako potrava půdních bezobratlých živočichů-laboratorní i terénní potravně preferenční pokusy. Studium tolerance řas k extrémně nízkým teplotám včetně ultra-nízkých teplot (minus 196°C) používaných při uchovávání organizmů v tekutém dusíku (kryoprezervace), mechanizmy stresu, kryomikroskopie.
Lektor: Ing. Alena Lukešová, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav půdní biologie, České Budějovice
1.51/2 Role půdních organismů na výsypkách po těžbě uhlí
Anotace: Dlouholeté výzkumy na výsypkách po těžbě hnědého uhlí na Sokolovsku ukazují, že nejen rozvoj vegetace ale i osidlování výsypek půdní faunou může významným způsobem ovlivnit rozvoj půd a tím i fungování celého ekosystému. Například sukcese vegetace na výsypkách je do značné míry určována jejich kolonizací žížalami. Student bude v průběhu stáže sledovat, jak půdní organismy výsypky osidlují a co tam dělají.
Lektor: doc. Ing. Mgr. Jan Frouz, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav půdní biologie, České Budějovice
1.52/2 Zkoumání dynamiky mikropohybů u rostlin pomocí interferometrie
Anotace: Student/ka se nejprve seznámí se základními fotosyntetickými ději u vyšších rostlin a naučí se ovládat interferometrickou aparaturu, která umožňuje zkoumat dynamiku rostlinných tkání v reálném čase. Poté zaznamená za definovaných laboratorních podmínek (teplota, ozářenost, relat. vlhkost vzduchu) primární interferogramy na listech fazolu, resp.
hrachu, a to za fotosynteticky neaktivního i aktivního stavu. V dalším kroku zpracuje podle instrukcí naměřená data, vykreslí odpovídající grafy (v programu Excel nebo SigmaPlot) a provede diskusi výsledků. Získané výsledky shrne do písemné podoby, nejlépe ve formě práce v rámci SOČ.
Lektor: RNDr. Karel Roháček, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav molekulární biologie rostlin, České Budějovice
1.56/2 Klíšťaty přenášená onemocnění
Anotace: Studentská práce bude zaměřena na problematiku enzymatického trávicího aparátu nižších vývojových stádií (larev a nymf) klíště obecného Ixodes ricinus. Pomocí specifických substrátů a inhibitorů budou stanoveny hladiny trávicích enzymů v průběhu sání a trávení hostitelské krve. Kvantitativní stanovení enzymů bude provedeno v destičkovém fluorimetru Tecan. Výsledky práce pomohou k nalezení vhodného kandidáta pro potenciální vakcínu, která zabrání sání klíšťat na hostiteli. Práce na tomto projektu vyžaduje očkování proti klíšťové encephalitidě (na náklady ústavu) a dodržování bezpečnostních a hygienických předpisů při práci s potenciálně infekčním materiálem.
Lektor: RNDr. Petr Kopáček, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Parazitologický ústav, České Budějovice
1.57/2 Klíšťaty přenášená onemocnění a imunologie
Anotace: Evropská klíšťata jsou významnými přenašeči lidských onemocnění jako je Lymská borelióza nebo klíšťová encefalitida. Patogen se do kůže hostitele dostane spolu se slinami klíštěte. Sliny obsahují řadu zajímavých látek které zabraňují srážení krve a potlačují imunitní odpověď hostitele. Protože jsou tyto imunosupresivní účinky slin nespecifické, využívají lokálního oslabení imunity i patogeny přenášené klíšťaty. Náš výzkum se zabývá vlivem klíštěcích slin na protiinfekční imunitu, odhalováním molekul které jsou za potlačení imunity zodpovědné a vývojem vakcín proti klíšťatům, založených na těchto molekulách.
Lektor: doc. RNDr. Jan Kopecký, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Parazitologický ústav, České Budějovice
1.58/2 Kryptosporidiové infekce volně žijících hlodavců čeledi myšovitých
Anotace: Kryptosporidie jsou jednobuněční jednohostitelští protozoární paraziti obratlovců včetně člověka. Ačkoli byly první kryptosporidie popsány před více než 100 lety právě z myší, do dnešní doby je velmi málo známo o jejich diverzitě u volně žijících hlodavců čeledi myšovitých. Student se seznámí s parazitologickými metodami používanými na pracovišti lektora a následně se zapojí do studia kryptosporidiových infekcí u volně žijících hlodavců. K získání výsledků bude student používat jak klasické parazitologické, tak moderní molekulární metody.
Lektor: doc. Ing. Martin Kváč, Ph.D.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Parazitologický ústav, České Budějovice
1.59/2 Elektronová mikroskopie v biologii
Anotace: Mikroskopické techniky patří k základním nástrojům v biologickém výzkumu. Elektronové mikroskopy vynikají maximálními hodnotami zvětšení a rozlišení, ale vyžadují bezvodé suché vzorky. To znamená, že je nezbytné je před vlastním prohlížením vody zbavit a to buď sušením nebo její přeměnou v led. Tyto úpravy často vedou k poškození buněčné ultrastruktury a tvorbě nejrůznějších artefaktů. Proto jsou navrhovány nové typy elektronových mikroskopů, které by umožnily prohlížet biologické preparáty blíže nativnímu stavu. Do této skupiny patří i stolní nízkonapěťový elektronový mikroskop LVEM 5, jehož autor, prof. Armin Delong, byl za jeho konstrukci oceněn titulem Česká hlava. Cílem stáže je porovnat ultrastrukturální vzhled savčí buňky připravené pro nízkonapěťový elektronový mikroskop pracující s urychlovacím napětím 5 kV a pro rutinní biologický transmisní elektronový mikroskop, který používá urychlovací napětí 80 kV.
Lektor: Ing. Jana Nebesářová, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Parazitologický ústav, České Budějovice
1.60/2 Helmintologie
Anotace: V laboratoři je studována diverzita, morfologie a vzájemné (fylogenetické) vztahy endoparazitických "červů", helmintů, především tasemnic a motolic, které cizopasí u sladkovodních a mořských ryb. Součástí studia je také morfologicko-taxonomické a ultrastrukturální zpracování materiálů helmintů nalezených během expedic do Latinské Ameriky (Amazonie, Mexiko), Afriky i tropické Asie (Indie). Studenti se budou moci seznámit se základními metodami studia i experimentálním studiem životních (vývojových cyklů) vybraných helmintů.
Lektor: prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Parazitologický ústav, České Budějovice
1.61/2 Funkční genomika protist (prvoků)
Anotace: Navržená témata pokrývají širokou škálu metodickým přístupů nezbytných ke studiu biologie parazitů, jejich interakcí s hostiteli a patogeny, které přenášejí, a mechanismů, které si hostitelé vytvořili k zabránění parazitárních nákaz. Hlavními modelovými skupinami jsou patogeny přenášené krevsajícími členovci (klíšťaty), parazitičtí bičíkovci (Kinetoplastida), oportunní cizopasníci člověka (mikrosporidie a kryptosporidie) a helminti (cizopasní „červi“) ryb. Vzájemné vztahy jsou studovány na úrovni molekul, buněk i organismů (populací hostitelů a parazitů) a využívány jsou klasické metody (morfologie, ultrastruktura, histologie) společně s metodami molekulární biologie, imunologie, biochemie, evoluční biologie (fylogenetiky), proteomiky a genomiky.
Lektor: RNDr. Zíková Alena, PhD.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Parazitologický ústav, České Budějovice
1.64/2 Testování systémů pro stanovení prasečích interleukinů IL-6 a IL-12 metodou ELISA
Anotace: Student/ka bude v průběhu stáže seznámen/a se zařízením a základními metodickými přístupy v mikrobiologické (příprava bakteriologických půd a kultivace aerobních a anaerobních bakterií) a imunologické laboratoři (ELISA, Western blotting, polymerázová řetězová reakce, buněčné kultury) a zásadami správné laboratorní praxe. Interleukiny jsou molekuly zprostředkovávající mezibuněčnou komunikaci. Interleukiny IL-6 a IL-12 patří mezi prozánětové cytokiny jejichž produkce se mění při různých stavech organismu. ELISA je imunoenzymatické metoda sloužící ke stanovení koncentrace vybraných bílkovin, tedy i interleukinů. V práci budou hledány podmínky pro stanovení IL-6 a IL-12 tj. koncentrace použitých protilátek, použité pufry, blokační agens a inkubační doby tak, abychom dostaly dostatečný poměr signál/šum, což je základem pro specifickou a citlivou metodu.
Lektor: MUDr. Lucia Hrnčířová
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Sektor imunologie a gnotobiologie, Nový Hrádek
1.65/2 Příprava mikrobiologických půd pro kultivace různých bakterií
Anotace: Student/ka bude v průběhu stáže seznámen/a se zařízením a základními metodickými přístupy v mikrobiologické (příprava bakteriologických půd a kultivace aerobních a anaerobních bakterií) a imunologické laboratoři (ELISA, Western blotting, polymerázová řetězová reakce, buněčné kultury) a zásadami správné laboratorní praxe. Bakteriologické půdy se rozdělují podle účelu použití na transportní, diagnostické, selektivní, standardní, obohacené apod. Bakterie se podle svých nároků nebo tolerance přítomnosti kyslíku rozdělují na aerobní a anaerobní, dále podmíněně aerobní, aerotolerantní apod. Podle požadavků bakterií je třeba zvolit vhodné kultivační podmínky pro stanovení jejich přítomnosti, případně pro jejich kvantifikaci. Budou vypracovány podmínky pro stanovení několika bakterií příslušejících různým bakteriálním rodům a vyžadujícím i různé kultivační podmínky.
Lektor: MUDr. Tomáš Hrnčíř, PhD.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Sektor imunologie a gnotobiologie, Nový Hrádek
1.68/2 Měření cytokinů metodou ELISA
Anotace: V rámci projektu se student seznámí s metodami odběru tkání, přípravou buněčných suspenzí a kultivacemi buněk. V supernatantech buněčných kultur se naučí stanovovat cytokiny metodou ELISA (Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay) a seznámí se se základy statistiky, které jsou potřebné pro vyhodnocení výsledků. Důraz bude kladen na správnou laboratorní praxi a uvedení do problematiky vědecké práce.
Lektor: Mgr. Martin Schwarzer
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Sektor imunologie a gnotobiologie, Nový Hrádek
1.69/2 Měření individuálních buněk jako nástroj pro zjišťování charakteristik buněk imunitního systému
Anotace: V rámci tohoto tématu se uchazeč seznámí se základními technikami práce s živými buňkami a jejich izolace z orgánů. Zejména se jedná o studium lymfocytů, které patří do skupiny buněk zajišťující přirozenou obranyschopnost vyšších živočichů. Základní zvládnutou metodikou bude analýza buněk na průtokovém cytometru, který umožňuje měřit jednotlivé buňky na základě jejich povrchových charakteristik, tedy různých molekul umístěných na membráně buněk. Součástí projektu bude též osvojení technik molekulární biologie, mikroskopie a manipulace buněk mimo původní organismus či tkáň (kultivační techniky). Cílem práce je zvládnout vytyčené techniky a použít je ke studiu charakteristik lymfocytů. Během pobytu bude kladen důraz na to, aby se uchazeč naučil laboratorní techniky, dokázal se orientovat v problematice, pochopil zásady a pravidla experimentální práce, uměl jasně formulovat své cíle a dělat samostatné závěry, dovedl písemně formulovat a obhájit své výsledky a uměl kriticky zhodnotit své vlastní i metodické omezení.
Lektor: Mgr. Kateřina Zelená
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Sektor imunologie a gnotobiologie, Nový Hrádek
1.70/2 Změna povrchových molekul lymfocytů po kultivaci
Anotace: V rámci tohoto tématu se uchazeč naučí jak práci s buňkami (cytologické metody) , tak analýzu genů pro jejich povrchové znaky (molekulárně-biologické metody). Základní zvládnutou metodikou bude práce s buňkami mimo organizmus v tak zvaných in vitro buněčných kulturách. Součástí projektu bude osvojení technik izolace nukleových kyselin, jejich zmnožení pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) a analýzou sekvence nukleotidů na agarozových a sekvenačních gelech. Adept se také naučí provádět analýzu jednotlivých buněk na průtokovém cytometru. Cílem práce je zvládnout vytyčené techniky a použít je ke studiu změny fenotypu povrchových znaků buněk během buněčných kultivací. Během pobytu bude kladen důraz na to, aby se uchazeč naučil laboratorní techniky, dokázal se orientovat v problematice, pochopil zásady a pravidla experimentální práce, uměl jasně formulovat své cíle a dělat samostatné závěry, dovedl písemně formulovat a obhájit své výsledky a uměl kriticky zhodnotit své vlastní i metodické omezení.
Lektor: Ing. Jana Šinkorová
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Sektor imunologie a gnotobiologie, Nový Hrádek
1.72/2 Analýza mastných kyselin sinic
Anotace: Student se seznámí s metodami kultivace, extrakce a přípravy vzorku pro následnou analýzu složení mastných kyselin pomocí spojení plynové chromatografie s hmotnostní spektrometrií u vybraných tříd sinic. Cílem je zmapování zastoupení různých mastných kyselin obsažených v některých třídách sladkovodních sinic.
Lektor: Ing. Jiří Kopecký, CSc.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Opatovický mlýn, Třeboň
1.73/2 Bioakumulace prvků vzácných zemin zelenými řasami, vliv na jejich fyziologii a buněčný cyklus
Anotace: Prvky vzácných zemin (REEs) podporují, ve vhodných koncentracích, fyziologické funkce rostlin. Stimulují růst, zvyšují obsah chlorofylu a fotosyntetickou rychlost, ovlivňují příjem živin, zvyšují obsah jiných prvků a stabilizují cytoskelet rostlin. V současné době jsou REEs využívány také v živočišné produkci. Zvyšují váhový přírůstek a produkci mléka a vajec. Obsah REEs v koncových produktech je přitom velmi nízký.V rámci tohoto projektu budeme studovat vliv REEs na fyziologii jednobuněčných zelených řas na modelových organizmech Chlamydomonas a Scenedesmus. Budeme analyzovat příjem a akumulaci REEs v buňkách řas; měřit fotosyntetickou aktivitu a základní biochemické charakteristiky jako celkový obsah DNA, RNA, proteinů, chlorofylu, škrobu atd. Zároveň budeme sledovat parametry buněčného cyklu, jako jsou délka cyklu a jeho fází, buněčné a jaderné dělení, buněčná velikost a dynamika cytoskeletálních struktur. Kvalitativní a kvantitativní analýza látek s REEs a testy toxicity budou také důležitou součástí projektu.
Lektor: Mgr. Milada Vítová, Ph.D.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Opatovický mlýn, Třeboň
1.74/2 Biologicky aktivní látky sinic
Anotace: Student se seznámí s metodami kultivace, extrakce, biologických testů a chemické analýzy složení biomasy vybraných druhů sinic. Cílem je vyhledávání látek s cytotoxickou aktivitou obsažených v sladkovodních sinicích
Lektor: Ing. Jiří Kopecký, CSc.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Opatovický mlýn, Třeboň
1.76/2 Chování a růst mutantů buněčného cyklu zelených řas
Anotace: Buněčný cyklus je jednou z nejrychleji se rozvíjejících oblastí současné biologie. Většina našich současných znalostí o buněčném cyklu byla umožněna díky produkci podmíněných mutantů buněčného cyklu, které byly v průběhu sedmdesátých let minulého století vytvořeny nejdříve Lelandem Hartwellem Saccharomyces cerevisiae v a posléze Paulem Nursem v Schizosaccharomyces pombe, v roce 2001 jim za tento objev byla udělena Nobelova cena. Cílem projektu je podrobná analýza nově získaných teplotně sensitivních mutantů buněčného cyklu u zelené řasy Chlamydomonas reinhardtii. Student se seznámí s kultivací zelených řas, sledováním jejich růstu a s regulací buněčného cyklu, naučí se a bude rutinně používat základní mikroskopické techniky, pomocí praxe pochopí základní genetická pravidla o rozdílech mezi mutanty a divokými kmeny.
Lektor: RNDr. Kateřina Bišová, Ph.D.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Opatovický mlýn, Třeboň
1.77/2 Role růstových podmínek pro stimulaci ochranných procesů u exotických druhů řas
Anotace: Student se seznámí s metodami kultivace fotosyntetických mikroorganismů původem z různých oblastí světa (mořské, sladkovodní). V průběhu kultivace bude sledovat roli nedostatku některých minerálů (např. hořčík, železo) nebo zvýšené ozářenosti na stimulaci obranných procesů chránících řasy před vysokým světlem. Student bude moct vyžít metod optické a fluorescenční mikroskopie pro sledování těchto změn na úrovni jedné buňky.
Lektor: Mgr. Radek Kaňa Ph.D.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Opatovický mlýn, Třeboň
1.78/2 Změny buněčného cyklu zelených řas způsobené změnou teploty a světelných podmínek
Anotace: Růst a buněčný cyklus zelených řas je velmi výrazně ovlivňován jak teplotou, tak světelnými podmínkami. Student se seznámí s metodami kultivace řas a s metodami analýzy buněčného cyklu. V průběhu kultivace bude sledovat vliv různé teploty, světelné intenzity a barvy světla na růst a dělení zelených řas. Pro svou prácí si osvojí a bude rutinně používat metody optické a fluorescenční mikroskopie.
Lektor: Mgr. Mária Čížková, Ph.D.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Opatovický mlýn, Třeboň
1.80/2 Problematika ekologického pěstování jahodníku
Anotace: Stážista se seznámí s problematikou produkce jahodníku velkovýrobním způsobem a zásadami produkce v ekologickém zemědělství. V experimentální části stáže se praktikant zapojí do hodnocení kvalitativních a kvantitativních znaků rostlin a plodů jahodníku, pěstovaných v ekologickém režimu produkce
Lektor: Ing. Stanislav Boček, Ph.D.
Mendelova univerzita v Brně, Zahradnická fakulta, Lednice
1.81/2 Ekologická produkce zeleniny
Anotace: Cílem projektu je hodnocení systémů ekologické produkce zeleniny. Prvním hlediskem jsou kvalitativní parametry (srovnání nutričních a antinutričních látek u jednotlivých druhů a odrůd), druhým hlediskem technologická stránku bioprodukce (biologická ochrana, zvyšování biodiverzity na ekofarmě, agrotechnika).Práce bude probíhat na pozemku certifikovaném pro ekologické zemědělství, který je součástí výzkumných ploch Zahradnické fakulty v Lednici.
Lektor: Ing. Tomáš Kopta
Mendelova univerzita v Brně, Zahradnická fakulta, Lednice
1.84/2 Hodnocení vlastností genofondu okrasných sortimentů (květin)
Anotace: Projekt bude probíhat na sbírkách ZF v Lednici – konkrétně na sortimentech vybraných druhů trvalek (Iris, Hemerocalis, Bergenia, Aster, Sedum) či letniček (Cana, Symphiotrichum). V projektu budou hodnoceny morfologické vlastnosti rostlin (výška,délka, plocha listu, květu, doba kvetení) digitálními měřidly, planimetry, dále pomocí RHS barevného vzorníku budou hodnoceny barvy jednotlivých částí rostlin. Bude vyhodnocován stupeň napadení chorobami a škůdci a druhové spektrum patogenů a poškození mrazem.Budou připravovány vzorky k chemickým rozborům na obsahové látky (irony u Iris, etylen u Hemerocallis), testována klíčivost osiva.
Lektor: Ing. Pavol Kaššák
Mendelova univerzita v Brně, Zahradnická fakulta, Lednice
1.85/2 Hodnocení stresových projevů produkce zeleniny
Anotace: Projekt bude zaměřen na sledování vlivu stresových nepříznivých podmínek (např. sucho) na fotosyntézu a další parametry rostlin. Součástí stáže bude seznámení s špičkovými přístroji pro stanovení fyziologie rostliny. Práce bude modelově probíhat na významných druzích zeleniny (rajčata, cibule apod.).
Lektor: Ing. Aleš Jezdinský
Mendelova univerzita v Brně, Zahradnická fakulta, Lednice
1.88/2 Srovnání anatomické stavby vybraných zástupců kapradin
Anotace: Zajímavou, ale poněkud opomíjenou skupinou cévnatých rostlin jsou kapradiny. V porovnání s ostatními skupinami cévnatých rostlin, které mají většinou uniformní model systému vodivých pletiv (tzv. vaskulární systém), jsou vodivá pletiva kapradin uspořádána velmi rozmanitě. Náplní práce bude především srovnání vaskulárních systémů a dalších anatomických struktur v listech, oddencích a kořenech u vybraných zástupců kapradin. Využívány budou základní metody botanické mikrotechniky (příprava preparátů, barvení, mikroskopování v procházejícím světle, mikrofotografická dokumentace, úprava mikrofotografií). Téma je vhodné pro studenty se zájmem o terénní botaniku (sběr materiálu) i práci v laboratoři (mikroskopování).
Lektor: Paedr. Ing. Vladimír Vinter, Ph.D.
Univerzita Palackého Olomouc, PřF, Katedra botaniky, Olomouc
1.90/2 Použití spektrálně optických metod při studiu fyziologického stavu rostlin
Anotace: V rámci této odborné stáže se předpokládá zapojení studenta do aktivit spojených s řešenou problematikou v rámci vědeckých projektů na Oddělení biofyziky katedry fyziky Ostravské univerzity. V současné době je velmi diskutovanou problematikou otázka globálních změn klimatu spojených se změnou koncentrace skleníkových plynů v atmosféře, kdy mezi průvodní jevy mimo jiné patří zvyšování celkového množství dopadající radiace včetně její ultrafialové složky, nárůst teploty zemského povrchu, změna koloběhu vody v přírodě a jiné. Ve své práci se student blíže zaměří především na otázku změn radiačního prostředí a jejich vliv na vyšší rostliny. Jednou z možností, jak sledovat tyto vlivy, je nedestruktivní měření optických vlastností charakterizujících interakci zkoumaného materiálu s dopadajícím zářením a to na úrovni celé rostliny či jejich jednotlivých částí. Mezi těmito postupy zaujímají významné místo metody fluorescenční spektroskopie (emisní a excitační spektra), měření odrazivosti, propustnosti a změn v účinnosti absorpce.
Lektor: RNDr. Martin Čajánek, Ph.D.
Univerzita Palackého Olomouc, PřF, Katedra fyziky, Olomouc
1.95/2 Molekulární evoluce symbiotických bakterií a jejich koevoluce s hmyzem
Anotace: Velké množství hmyzích druhů žije v symbiotickém vztahu s různými skupinami vnitrobuněčných bakterií. Zcela typicky se tento vztah objevuje u hmyzích skupin živících se potravou chudou na některé důležité látky (např. fytofágní druhy nebo krevsající paraziti). Pomocí metod molekulární biologie lze studovat původ a fylogenetické vztahy symbiontů a důsledky dlouhodobého soužití na evoluci jejich genomu. Projekt zahrnuje laboratorní metody molekulární biologie a fylogenetiky, od izolace DNA a sekvenování vybraných genů po počítačové zpracování dat a jejich evoluční interpretaci.
Lektor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, PřF, České Budějovice
1.96/2 Hostitelská specifita a populační struktura parazitů
Anotace: Populační struktura parazitických organismů je do značné míry ovlivňována jejich hostitelskou specifitou. Metodami molekulární fylogenetiky a populační genetiky lze zkoumat genealogické vztahy a vnitrodruhový tok genů v populacích parazita ve vztahu ke geografické roztříštěnosti populace, fyzickým bariérám a hostitelské specifitě. Jejich analýza umožňuje určení hlavních faktorů podílejících se na genetické izolaci a tedy vznikání nových druhů parazitů. Projekt studuje několik modelových parazitických organismů a zahrnuje jak terénní sběry, tak laboratorní experimentální práci, včetně izolace DNA, sekvenování vybraných genů, počítačové zpracování dat a jejich evoluční interpretace.
Lektor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, PřF, České Budějovice
1.98/2 Environmentální projekt ve vybraném regionu
Anotace: V rámci stáže vznikne pod odborným dohledem ucelený environmentální projekt, který se bude zabývat reálným lokálním environmentálním problémem vybraného regionu. Tento projekt může být orientován na ohrožené druhy, problematiku krajiny, energetiku, odpady či další environmentální témata. Součástí projektu bude vypracování studie hodnotící současný stav, jeho příčiny i návrhy možných řešení. Výstupem bude i prezentace, která přehledně shrne vše podstatné formou přístupnou veřejnosti a státní správě.
Lektor: RNDr. Jiří Mach
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, PřF, Katedra botaniky, České Budějovice
1.99/2 Ekologie ryb v nádržích a jezerech
Anotace: Zájemci se seznámí s metodami vzorkování ryb v přehradních jezerech pro zjišťování ekologického stavu a role v ekosystému. V případě zájmu vypracují pod vedením pracovníků HBÚ dílčí studii na nějakém jednoduchém problému (např. věkové složení, analýza kondice, složení plůdku apod.).
Lektor: Doc. RNDr. Jan Kubečka, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Hydrobiologický ústav, České Budějovice
1.101/2 Vyhodnocování změn zastoupení typů svalových vláken pomocí poloautomatického systému vyhodnocování obrazu
Anotace: Rychlé a pomalé svaly savců se liší zastoupením typů svalových vláken. Toto složení se však mění např. aktivitou (trénink u sportovců), věkem (svalové změny u starších lidí) anebo za patologických podmínek. Je známo, že dlouhodobé podávání statinů (léků snižujících hladinu krevního cholesterolu) má myotoxický účinek. Předpokládaná studie by spočívala v postupném zvládnutí technik odběru svalů, přípravy a barvení kryostatových řezů a konečně i semikvantitativní analýzy pomocí stereologických technik svalů potkanů po chronické aplikaci statinů.
Doba trvání projektu 2 roky.
Lektor: RNDr. Tomáš Soukup, CSc
Fyziologický ústav AV ČR , Oddělení funkční morfologie, Praha
1.102/2 Vyhodnocování změn obsahu parvalbuminu ve svalech potkanů se změněným tyroidním stavem pomocí Western blottingu
Anotace: Ca2+ je jedna z nejdůležitějších signálních molekul, která se podílí na nejrůznějších buněčných procesech. Tato molekula je regulována řadou proteinů, mezi něž pattří i parvalbumin, který se nachází v rychlých svalech, mozku a některých endokrinních tkáních. Je známo, že obsah některých z těchto proteinů se mění v závislosti na tyroidním stavu. Předpokládaná studie by spočívala v analýze parvalbuminu ve svalech potkanů v eutyroidním, hypotyroidním a hypertyroidním stavu. Použité metody by zahrnovaly přípravu svalových homogenátů, kvantifikaci proteinů, SDS-PAGE elektroforézu, Western blotting a následnou imunodetekci parvalbuminu. Doba trvání projektu 2 roky.
Lektor: Mgr. Petr Novák
Fyziologický ústav AV ČR ,Oddělení funkční morfologie, Praha
1.103/2 Genetické markery rezistence jabloní ke strupovitosti
Anotace: Strupovitost je závažná choroba jabloní, která je způsobena houbou Venturia inaequalis. Jabloně napadené touto chorobou mají skvrnité, nekrotické listy či květy a později i plody, což snižuje jejich chuť, skladovatelnost, a tím i tržní hodnotu. Jabloně lze před strupovitostí částečně chránit chemickými postřiky, ale mnohem účinnější a ekologičtější způsob je pěstování vhodných rezistentních odrůd. Naše pracoviště patří ve vývoji takových odrůd k absolutní světové špičce a naše odrůdy jsou dnes pěstovány v desítkách zemí na čtyřech kontinentech. V současné době probíhá vývoj již 6. generace odrůd, který je založen na kombinaci tzv. monogenní rezistence, založené na známém genu Vf, a tzv. polygenní rezistence, založené na kooperaci více genů, které zatím nejsou charakterizovány. Pro odlišení těchto dvou typů je potřeba vyvinout nové genetické markery. V rámci projektu Otevřená věda II by se tedy student účastnil nejprve testování nových odrůd jabloní na přítomnost genu Vf. Tím by se seznámil se základními technikami v molekulární biologii, jako jsou izolace genomové a plasmidové DNA, PCR (polymerase chain reaction) nebo klonování DNA. Později by výzkum mohl pokračovat vývojem nových genetických markerů pro charakterizaci polygenní rezistence ke strupovitosti.
Lektor: Ing. Miloslav Juříček, CSc.
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i., Praha 6 – Dejvice
1.104/2 Studium vlastností semen buku během klíčního klidu a po předosevní přípravě I.
Anotace: Současné zastoupení buku lesního představuje pouze třetinu plánovaného optimálního zastoupení této dřeviny v našich lesích. Pro zvyšování podílu buku v lesích je nutné využívat semenáčky vypěstované z bukvic, které však musí být dlouhodobě skladovány. Buky totiž poskytují semena jen jednou za 6 – 10 let, proto je nutné vytvořit optimální podmínky pro skladování a ošetření semen, aby jejich klíčivost byla zachována po celou tuto dobu. V první části práce budeme studovat závislost mezi základními morfologickými vlastnostmi bukvic a jejich klíčivostí. Ověříme, jak se budou měnit vlastnosti bukvic po aplikaci obvyklých zásahů, které se v praxi používají pro urychlení klíčení (např. působení nízkých teplot); jak se liší bukvice z různých stromů popř. z různých stanovišť.
V rámci projektu Otevřená věda II se bude student podílet na experimentech ověřujících klíčení bukvic z různých stanovišť, různě skladovaných a různě ovlivňovaných. Morfologii bukvic i klíčních rostlin bude dokumentovat pomocí binokulárního mikroskopu a digitální kamery, bude využívat program NIS-elements (Laboratory Imaging) pro ukládání obrazů i pro obrazovou analýzu. U studenta předpokládáme zájem o rostlinnou biologiii, schopnost rutinní práce s počítačem, pečlivost a spolehlivost.
Lektor: RNDr. Zuzana Vondráková, CSc.
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i., Laboratoř biologicky aktivních látek, Praha 6 – Lysolaje
1.105/2 Studium vlastností semen buku během klíčního klidu a po předosevní přípravě II.
Anotace: Současné zastoupení buku lesního představuje pouze třetinu plánovaného optimálního zastoupení této dřeviny v našich lesích. Pro zvyšování podílu buku v lesích je nutné využívat semenáčky vypěstované z bukvic, které však musí být dlouhodobě skladovány. Buky totiž poskytují semena jen jednou za 6 – 10 let, proto je nutné vytvořit optimální podmínky pro skladování a ošetření semen, aby jejich klíčivost byla zachována po celou tuto dobu. V druhé části práce budeme studovat vnitřní stavbu bukvic s cílem najít anatomické rozdíly mezi bukvicemi čerstvě sklizenými a skladovanými. Chceme také zjistit, do jaké míry je anatomie semene ovlivněna stanovištěm, vnějšími podmínkami i způsobem skladování. V rámci projektu Otevřená věda II se student naučí základní techniky studia anatomie rostlin. Výsledkem práce bude porovnání struktury semen buku z různých stanovišť a semen různě opracovaných. Anatomické preparáty ze světelného mikroskopu bude snímat pomocí digitální kamery a obrazy bude ukládat pomocí programu NIS-elements (Laboratory Imaging). Tento program bude využívat i pro analýzu obrazu. U studenta předpokládáme zájem o rostlinnou biologiii, schopnost rutinní práce s počítačem, pečlivost a spolehlivost.
Lektor: Mgr. Kateřina Eliášová, PhD.
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i., Laboratoř biologicky aktivních látek, Praha 6 – Lysolaje
1.106/2 Výroba bílkovin „na klíč“
Anotace: Kvetoucí rostliny nemají pohyblivé pohlavní buňky, jako jsou spermie živočichů. Jejich oplození probíhá jinak: na bliznu květu dopadne pylové zrno a z něj vyroste vláknitý útvar zvaný láčka. Ta proroste k vajíčku a dopraví do něj samčí pohlavní buňky. Každý květ je opylen mnoha pylovými zrny. Jen pohlavní buňky v nejrychleji se prodlužujících láčkách mají šanci oplodnit vajíčka. Pylová zrna se proto na svůj „dostih“ připravují v předstihu a některé potřebné látky, zejména bílkoviny, vyrábějí do zásoby. Instrukce pro sestavení konkrétní bílkoviny jsou uloženy v příslušném genu, což je úsek DNA v buněčném jádře. Informace z DNA je „kopírována“ do molekuly mRNA, která má funkci jakéhosi poslíčka: putuje ven z jádra a na ribozómech se pak podle ní vytvářejí molekuly dané bílkoviny. Již dlouho je známo, že během zrání pylových zrn se hromadí některé druhy mRNA, které se shlukují s dalšími biologickými molekulami do speciálních částic (EPP). Ty jsou v buňce uskladněny a k produkci bílkovin použity teprve po dopadu pylu na bliznu. Jejich přesné složení a funkce v pylu však zatím nejsou zcela známy. Původně se předpokládalo, že EPP částice slouží výhradně ke skladování mRNA, případně k její dopravě, třeba do špičky rostoucí láčky. Teď víme, že hrají daleko zásadnější, poměrně unikátní roli: přímo v nich se patrně také vytvářejí a dále upravují molekuly bílkovin, a to v přesně určených časech a místech uvnitř buňky. Studované částice tedy nejsou molekulární analogií pouhého nákladního auta převážejícího stavební materiál. Lze je spíše přirovnat k firmě dodávající stavby na klíč, která si přiveze materiál i řemeslníky a všechny práce provede na stanoveném místě v dohodnutém termínu. V rámci projektu Otevřená věda II se student bude podílet na charakterizaci skladovaných EPP částic. Projekt bude zahrnovat jak „mokrou“ práci v laboratoři, tak počítačové analýzy získaných dat.
Lektor: RNDr. David Honys, Ph.D.
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i., Laboratoř biologie pylu, Praha 6 – Lysolaje
1.107/2 Způsoby studia a fyziologický význam rostlinných hormonů typu cytokininů při řízení růstu a vývoje rostlin
Anotace: Látky hormonální povahy nejsou výsadou člověka a zvířat. Své hormony, tedy látky regulující fyziologické a vývojové pochody, mají i rostliny. Důležitými hormony rostlin (tzv. fytohormony) jsou cytokininy. Tyto látky mimo jiné stimulují buněčné dělení, podporují rašení pupenů, zpomalují stárnutí listů nebo ovlivňují příjem a využití živin či reakci rostlin na stresy. Naše laboratoř se zaměřuje na poznání regulací hladin cytokininů, a to jak samotných, tak v kombinaci s ostatními fytohormony. Na základě dosavadního studia jsme vytvořili hypotetický experimentální model objasňující zapojení cytokininů do buněčných mechanismů vedoucích k indukci pro rostlinu významných morfogenních procesů a k následnému projevu takto indukovaných změn na úrovni celé rostliny. S využitím kultur rostlinných buněk a pletiv in vitro i intaktních rostlin se v rámci projektu Otevřená věda II student bude spolupodílet na zajímavém a důležitém výzkumu v této oblasti, zúčastní se experimentálního ověřování stávajících a získávání nových originálních poznatků ukazujících významnou úlohu cytokininů při řízení rostlinné morfogeneze a potažmo při ovlivňování produktivity hospodářsky významných plodin. Převážná část práce je experimentálního charakteru a bude probíhat v moderně vybavené laboratoři, součástí bude i počítačové zpracování a vyhodnocování získaných výsledků. U studenta proto předpokládáme základní schopnost práce s běžnými počítačovými programy a zejména zájem o biologii a chemii.
Lektor: Ing. Václav Motyka, CSc.
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i., Laboratoř hormonálních regulací u rostlin, Praha 6 – Lysolaje
1.108/2 Lov genetických chimér
Anotace: Chiméry byly ve starořeckých bájích obludy s částmi těla různých tvorů. V novodobé biologii chimérami nazýváme tvory, kteří se skládají z buněk s nestejnou genetickou informací. V našem oboru rostlinné reprodukce se setkáváme i s takzvanými genovými chimérami. Jsou to geny, které jsou složené z částí jiných genů. Pro rostlinu mají často viditelné důsledky, jako je tvorba neúplných květů. My studujeme chiméry způsobující nepřítomnost tyčinek v květech. To je totiž podstata zajímavého způsobu určení pohlaví u některých druhů rostlin, které mají oboupohlavné a samičí jedince. Hledání takovýchto chimér je složité, pouhým okem je nepoznáte. Je třeba využít nejmodernějších technik genetiky a molekulární biologie. Student se v naší laboratoři s těmito metodami v rámci projektu Otevřená věda II osobně seznámí. Práce není jednotvárná; součástí práce je pěstování rostlinného materiálu, manipulace s téměř neviditelnou DNA, ale i zpracování výsledků a analýzy na počítači. Student by měl být přiměřeně šikovný a se zájmem o biologii nebo chemii.
Lektor: Ing. Karel Müller, Ph.D.
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i., Laboratoř reprodukce rostlin, Praha 6 – Lysolaje
1.109/2 Buněčná biologie – buněčný cyklus a cytoskelet rostlin
Anotace: Buněčná biologie je vědní obor, který se zabývá studiem struktury buněk a základních procesů probíhajících na úrovni buňky. Růst rostlin a obnova buněk jsou zajišťovány z velké části právě správně fungujícím buněčným cyklem a bílkovinnými strukturami (mikrotubulárním cytoskeletem), které jsou za průběh buněčného dělení přímo zodpovědné. Tento zdánlivě jednoduchý proces je řízen v buňkách spoustou dalších faktorů, závisí na momentálním stavu buňky samotné i na vnějších podmínkách. V rámci projektu Otevřená věda II se student zúčastní objasnění významu a funkce vybraných bílkovin pro správné rozdělení rostlinné buňky. Převážná část práce bude v laboratoři, student se seznámí s přípravou rostlinného materiálu, běžnými metodikami detekce bílkovin a s fluorescenční mikroskopií. U studenta předpokládáme pečlivost, schopnost rutinní práce s běžnými programy na počítači, zájem o biologii a chemii a základní znalost angličtiny.
Lektor: RNDr. Věra Cenklová, Ph.D.
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i., Laboratoř buněčného cyklu a cytoskeletu rostlin, Olomouc
1.110/2 Biochemické signální dráhy regulující meiotické zrání savčích oocytů
Anotace: Meiotické zrání (maturace) savčích oocytů představuje klíčový vývojový proces nutný pro produkci oplodnitelných vajíček a tedy zdárnou reprodukci. Zároveň je meiotická maturace unikátním modelem pro studium buněčné signalizace regulující buněčný cyklus. V rámci stáže se student seznámí s metodami izolace savčích oocytů, jejich kultivace v podmínkách in vitro, s použitím farmakologických inhibitorů pro studium buněčné signalizace a případně s přípravou GFP-fúzních konstruktů a jejich využitím při studiu dynamiky proteinů. Celá stáž proběhne na pracovišti Sekce vývojové a reprodukční biologie v Liběchově. Během stáže bude kladen důraz na pochopení správného designu experimentů a analýzu a interpretaci získaných dat. Student se také seznámí se stručnými základy biostatistiky a bioinformatiky. Studentský výzkumný projekt bude součástí již běžícího většího reálného výzkumného projektu. Klíčová slova: buněčný cyklus, buněčná signalizace, vývojová a buněčná biologie.
Lektor: Mgr. Petr Šolc, Ph.D.
Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v.v.i., Liběchov
1.111/2 Biologické a molekulární vlastnosti buněk odvozených in vitro z lidských embryonálních kmenových buněk
Anotace: Lidské embryonální kmenové (hES) buňky jsou buněčné linie odvozené z embryoblastu časného lidského embrya ve stádiu blastocysty a díky svým unikátním diferenciačních schopnostem představují velmi slibný zdroj buněk pro regenerativní medicínu. Student se bude účastnit experimentů, které mají za cíl vyvinout techniky diferenciace hES buněk do buněk neurální linie a tyto buňky vložit do trojrozměrných nosičů, které by v budoucnu umožnili jejich implantaci pacientovi. V rámci této práce bude student analyzovat technikami molekulární biologie vlastnosti vyvinutých neurálních buněk za různých kultivačních podmínek. Použitými technikami budou zejména imunochemická detekce proteinů, konfokální mikroskopie a měření exprese mRNA pomocí kvantitativní RT PCR.
Lektor: Doc. MVDr. Aleš Hampl, CSc.
Masarykova Univerzita, Lékařská fakulta, Biologický ústav, Brno
1.112/2 Bakteriální genetika a genomika
Anotace: V posledních několika letech došlo k výraznému rozvoji genomiky, t.j. vědy, která se vyvinula z genetiky a která zkoumá organismy na úrovni celého jejich genomu (souboru genů daného organismu). Bakteriální genomika se zaměřuje především na patogenní mikroorganismy, které způsobují infekční onemocnění u člověka a zvířat. Celogenomové sekvence patogenních mikroorganismů získané v naší laboratoři jsou následně analyzovány počítačovými algoritmy. Cílem předkládaného tématu je analýza promotorových oblastí (oblastí řídících přepisování jednotlivých genů) v genomech několika velmi příbuzných bakterií, způsobujících odlišná lidská onemocnění. Konkrétním cílem je tedy najít ev. rozdíly v promotorových sekvencích, které mohou odpovídat za různý klinický obraz infekcí způsobených příbuznými bakteriemi.
Lektor: Doc. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
Masarykova Univerzita, Lékařská fakulta, Biologický ústav, Brno
1.113/2 Buněčné signální dráhy jako cíle protinádorové terapie
Anotace: Některé typy nádorových onemocnění málo odpovídají na dostupnou protinádorovou terapii a je proto třeba pro ně nalézt nové možnosti léčby. Při jejich hledání lze využít poznatku, že v nádorových buňkách bývá často narušena regulace některých buněčných signálních drah, které v normálních nenádorových buňkách zajišťují správnou odpověď na stresové podněty a signály z vnějšího prostředí. Cílem této práce bude objasnění významu vybraných buněčných signálních drah pro růst a přežití nádorových buněk a pro jejich odpověď na protinádovou chemoterapii. Experimenty budou prováděny na nádorových buněčných liniích a význam jednotlivých drah bude studován pomocí jejich specifických chemických inhibitorů nebo malých inhibičních RNA.
Lektor: Mgr. Stjepan Uldrijan, CSc
Masarykova Univerzita, Lékařská fakulta, Biologický ústav, Brno
1.114/2 Vliv přírodních látek na eukaryotní buňky
Anotace: Látky izolované z rostlin a jiných organizmů zaujímají významné postavení mezi léky používanými v terapii nádorů, infekcí, ale i jiných nemocí. Hledání látek, které mají schopnost ovlivnit buněčnou proliferaci je významné především z hlediska perspektivy využití v protinádorové terapii. Skríning extraktů rostlin nebo již izolovaných čistých molekul na antiproliferační aktivitu nádorových buněčných linií stojí na počátku testování. Cílem experimentální práce bude testování antiproliferační aktivity rostlinných extraktů a později i látek z rostlin izolovaných jako jsou např. alkaloidy a lignany. Extrakty a látky z rostlin budou získávány z Biochemického ústavu LF MU. Práce bude zahrnovat kultivaci stabilizovaných lidských nádorových linií, techniky fluorescenční mikroskopie, průtokové cytometrie, SDS-PAGE a Western blotingu.
Lektor: Doc. MUDr. Iva Slaninová, PhD.
Masarykova Univerzita, Lékařská fakulta, Biologický ústav, Brno
1.115/2 Znečištění životního prostředí hormony a látkami s vlivem na endokrinní rovnováhu
Anotace: Velká pozornost studia znečištění životního prostředí je v současnosti věnována látkám, které člověk uvolňuje do vnějšího prostředí a které mají přímý vliv na procesy řízené endokrinním systémem (hormonální regulace). Tyto tzv. endokrinní disruptory (ED) narušují hormonální řízení jak u obratlovců (včetně člověka), tak u bezobratlých, a vedou k různým typům toxických projevů (narušení rozmnožování, embryotoxicita, imunotoxicita apod.). Z chemického hlediska jde o průmyslové chemikálie (např. ftaláty), ale také o léčiva a hormony (např. součást antikoncepce), které nejsou v průběhu čištění odpadních vod odstraněny a vyskytují se v povrchových vodách. Studenti zapojení do projektu: - získají širší vhled do problematiky znečištění prostředí těmito látkami (endokrinními disruptory), seznámí s možnými zdroji a hladinami v prostředí; - naučí se principy sledování ED v prostředí s využitím instrumentálních analytických metod (zejm. HPLC-MS) a moderních biologických metod (in vitro biotesty využívající reporterových genů); - prakticky zrealizují analýzy v rámci případových studií výzkumu hladin ED ve vybraných vzorcích z prostředí (vzduch / vodní prostředí - do projektu se může zapojit 1-2 studenti) - získané výsledky samostatně vyhodnotí a připraví do podoby zprávy a prezentací. Studenti budou svými aktivitami přímo zapojeni do výzkumného projektu ENVISCREEN (Nové molekulárnì biologické a biochemické metody pro monitoring estrogenů a dalších chemických endokrinních disruptorů), který je financován MŠMT v rámci Národního Programu II).
Lektor: doc. Mgr. Luděk Bláha, Ph.D.
Masarykova Univerzita, Přírodovědecká fakulta, RECETOX, Brno
1.116/2 Mikrosporidie – původci oportunních onemocnění lidí
Anotace: Mikrosporidie, nyní řazené mezi houby, byly v minulosti známy především jako patogeny bezobratlých a studenokrevných obratlovců. Teprve s nástupem epidemie AIDS byla popsána řada druhů parazitujících u člověka a dalších teplokrevných obratlovců. U jedinců s poškozenou imunitou působí těžké, často smrtelné infekce. V poslední době, kdy jsou k diagnostice využívány molekulární metody, se ukazuje, že mikrosporidie jsou v malém množství přítomny u různých skupin pacientů a též u zdravých lidí, aniž by jim působily potíže. Tato skutečnost má význam pro epidemiologii těchto onemocnění. Stáž bude věnována diagnostice a studiu mikrosporidií rodu Encephalitozoon a Enterocytozoon. Student se seznámí s molekulární diagnostikou, se studiem mikrosporidií pomocí optického i elektronového mikroskopu; samostatně se bude věnovat především diagnostice pomocí barvení calcofluorem a zviditelnění ve fluorescenčním mikroskopu.
Lektor: Doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Parazitologický ústav, České Budějovice
1.117/2 Vizualizace proteinů významných pro buněčný cyklus u modelové rostliny Arabidopsis thaliana
Anotace: Pro perspektivního budoucího buněčného a molekulárního biologa Laboratoř buněčného cyklu a cytoskeletu rostlin v Olomouci v rámci projektu Otevřená věda II nabízí výlet do fascinujícího světa rostlinné buňky. K vidění bude buněčný cytoskelet (kostra buňky), membránové systémy buňky a různé bílkoviny, které jsou významné při dělení buňky. Studenta čekají základy klonování genů, fúze se zeleným fluorescenčním proteinem a jejich barevnými variantami sloužícími k vizualizaci vybraných bílkovin, práce s bakteriemi a transformace rostlin (cílené genetické manipulace). Co se pak děje v buňce, uvidí student použitím nejmodernější zobrazovací mikroskopické techniky.
Lektor: Ing. Beáta Petrovská, Ph.D.
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i., Laboratoř buněčného cyklu a cytoskeletu rostlin, Olomouc
1/118/2 Ochranářská genetika velkých druhů savců - vydra říční a kamzík horský
Anotace: Vydra říční a kamzík horský (tatranský) patří mezi druhy savců, u kterých v historii došlo k výraznému poklesu početnosti (tzv. bottleneck). Pokud dojde k razantnímu snížení početnosti, může se snížit i genetická variabilita populace a tím i její životaschopnost. Proto studujeme genetickou variabilitu populací těchto druhů a také jejich genetickou strukturu. DNA izolujeme z dostupných vzorků tkání (uhynulí jedinci), většinu našich vzorků však tvoří neinvazivně získaný materiál – trus, srst. Pomocí neinvazivní genetické metody získáváme potřebné údaje, aniž bychom studované živočichy odchytávali nebo jen rušili. Student, který si vybere toto téma, bude seznámen se základními molekulárně-genetickými metodami (izolace DNA, PCR, fragmentační analýza na sekvenátoru) a také se zásadami práce v neinvazivní genetické laboratoři. Bude mít možnost podílet se i na vyhodnocování dat pomocí různých populačně-genetických programů.
Lektor: Mgr. Radka Poláková
Ústav biologie obratlovců, v.v.i., Oddělení populační biologie, Studenec (okr. Třebíč)
1.119/2 Studium interakcí mezi dutinovými pěvci a plchy
Anotace: Dutiny ve stromech poskytují zázemí pro celou řadu živočichů. Mezi ně patří pěvci (sýkory a lejsci) i plši. Ptáci využívají dutiny pro hnízdění na jaře, zatímco plši hlavně v létě. A právě konec hnízdní sezóny ptáků se překrývá s obdobím, kdy se probouzejí plši ze zimního spánku. Docela nedávno byl tento překryv nepatrný, ale v důsledků teplejšího počasí dochází k mnohem časnějšímu ukončení hibernace u plchů, kvůli čemu narůstá počet případů, kdy plši predují ptačí snůšky. Předmětem našeho výzkumu je detailní pochopení mechanismů, jak klima ovlivňuje interakce mezi těmito dvěma skupinami, jaké výhody z toho plynou pro predující plchy a jaké obranné mechanizmy mohou ptáci uplatnit. Výzkum probíhá v lesích Nízkého Jeseníku mezi Šternberkem a Rýmařovem. Student se naučí, jak se v terénu studuje hnízdní biologie ptáků a plchů a bude se moci zapojit do dílčích témat naších terénních studií.
Lektor: Mgr. Peter Adamík, Ph.D.
Univerzita Palackého v Olomouci, PřF, Katedra zoologie a Ornitologická laboratoř, Olomouc
1.120/2 Fluorescenční a konfokální mikroskopie při studiu stresu rostlin
Anotace: V interakcích rostlin a patogenních mikroorganismů jsou mikroskopické metody (spolu s molekulárními, biochemickými a biofyzikálními metodami) často využívány k identifikaci původce choroby, ale i ke studiu stresových změn v metabolismu a anatomii hostitelských rostlin. Stáž bude zahrnovat seznámení s technikami světelné mikroskopie (fluorescenční a konfokální laserová skenovací mikroskopie), metody kultivace a inokulace patogenních mikroorganismu, přípravu vzorku (histochemické barvení fluorochromy, které detekují různé organely buňky a molekuly podílející se na stresové signalizaci), softwarové zpracování digitálních snímků (rekonstrukce 3D modelu, obrazová analýza).
Lektor: Doc. RNDr. Michaela Sedlářová, PhD.
Univerzita Palackého v Olomouci, PřF, Katedra Botaniky, Olomouc-Holice
1.121/2 Američtí invazní raci – můžeme na nich pozorovat, zda jsou přenašeči onemocnění smrtelného pro naše račí druhy?
Anotace: Původně severoamerické druhy raků, rak signální a rak pruhovaný, se dnes volně vyskytují také v různých oblastech mimo svou domovinu, např. v mnoha evropských státech včetně České republiky. Jde o druhy introdukované člověkem a v naší přírodě nežádoucí. Mohou být totiž přenašeči plísňovitého parazita Apahnomyces astaci, který způsobuje masové úhyny našich původních raků označované jako račí mor. Severoameričtí raci jsou na soužití s parazitem dobře adaptováni, takže při infekci nehynou. Dokážou totiž růst A. astaci účinně potlačovat, a to produkcí melaninu, který je obecně reakcí mnoha bezobratlých na přítomnost různých parazitů. Tato imunitní odpověď raků je tedy nespecifická, existují však práce, které dávají do souvislosti právě nákazu původcem račího moru s občasným výskytem makroskopických ložisek melaninu na krunýři raků. Úkolem studenta či studentky by bylo zjistit, jestli takové skvrny opravdu souvisí převážně s infekcí A. astaci nebo ne a jestli tedy podle výskytu skvrn můžeme odhalit nosiče račího moru. Průzkum by probíhal na racích z našich i zahraničních lokalit a přítomnost patogenu by byla zjišťována pomocí analýzy DNA získané ze vzorků račí kutikuly se skvrnami. Práce by zahrnovala jak pobyt v terénu (sběr vzorků), tak v molekulární laboratoři. Lektoři: doc. RNDr. Adam Petrusek, Ph.D. Univerzita Karlova v Praze, PřF, Katedra ekologie, Praha
1.122/2 Diagnostika račího moru – stačí testovat pouze část těla raka, abychom zjistili přítomnost parazita?
Anotace: Račí mor je velmi závažným onemocněním našich raků, způsobuje úhyny celých jejich populací. Původce nemoci (plíseň Aphanomyces astaci) je přenášen severoamerickými invazními druhy raků (např. rak signální a rak pruhovaný), kteří jsou jeho původními hostiteli a při infekci obvykle nehynou, ale přenášejí onemocnění dál. Tyto druhy raků se v Evropě v posledních desetiletích šíří a ohrožují naše původní raky. Protože nákaza je na racích těžko rozpoznatelná (zvláště na těch severoamerických), byly ke zjištění přítomnosti parazita vyvinuty diagnostické metody založené na analýze DNA. Nejčastěji využívanou tkání pro izolaci DNA je kutikula ze spodní strany zadečku raka, která je měkká a je tedy místem, kde mají zoospory parazita šanci přisednout, začít klíčit a prorůst do těla. I další části těla raků však mohou být vstupní branou pro infekci a zatím se ví málo o tom, která místa jsou nejvíce zoosporami napadána. Student či studentka se zájmem o tuto problematiku se bude věnovat optimalizaci postupu diagnostiky onemocnění račího moru a zjišťování ovlivnění záchytu infekce testováním různých částí těla raků na přítomnost patogenu. Při tom se seznámí s některými základními metodami molekulární biologie, které se dnes široce používají nejen k diagnostice nemocí. Lektoři: Mgr. Eva Kozubíková Univezita Karlova v Praze, PřF, Katedra ekologie, Praha
