Nabídka stáží z biologie

1.2/3  Čárový kód života – utopie či realita? Srovnávací studie molekulárních markerů na příkladu čeledi sítinovitých
Anotace: Pojmenování a klasifikace druhů ve fylogenetickém kontextu, tedy odrážejícím vzájemné evoluční vztahy, je snahou vědců již od dob C. Linného a Ch. Darwina.V současné době s rostoucím poznáním složitosti a zajímavosti evolučních procesů a dynamickým vývojem molekulárních technik existují pokusy o zjištění a následnou klasifikaci organismů pouze na základě molekulárních markerů. Čárový kód života (Barcode of Life) vyžaduje standardní úsek, resp. úseky DNA, jako nástroj pro identifikaci druhů. V současné době pracuje celá řada skupin vědců v jednotlivých oborech biologie na nalezení těchto úseků vhodných pro rozlišení druhů u savců, ptáků, ryb, rostlin a dalších skupin organismů. Navrhovaný projekt je zaměřen na studium několika vybraných molekulárních markerů pro výběr vhodné kombinace rozlišujících rody, podrody, sekce a jednotlivé druhy čeledi sítinovitých (Juncaceae). Student či studentka se zájmem o toto téma by měli disponovat základními znalostmi z biologie, být schopní samostatné práce a uvažování a měli by mít chuť pracovat v laboratoři i v terénu. Práce bude probíhat v Botanickém ústavu AVČR a v Ústavu molekulární genetiky AVČR, kde se studenti seznámí s prací s rostlinami a se základy molekulárních technik, především užívaných při studiu evoluce rostlin a s počítačovými programy vhodnými pro vyhodnocování dat a rekonstrukci fylogeneze a evoluce.
Lektor: RNDr. Lenka Záveská Drábková, Ph.D.
Botanický ústav AV ČR v.v.i. ,Vědeckovýzkumný úsek Průhonice, Praha
 

1.4/3  Vliv prostředí, ve kterém rostla mateřská rostlina, na růst jejího potomstva
Anotace: Je známo, že růst potomstva je ovlivněn v závislosti na podmínkách prostředí, ve kterých vyrůstala jejich matka například tak, že rostliny pocházející z prostředí živinami chudého rostou lépe v živinami chudém prostředí než potomci matky, která vyrostla v prostředí živinami bohatém. Cílem práce bude zjistit, zda tento efekt lze pozorovat i u klonálních rostlin.
Lektor: RNDr. Vít Latzel, Ph.D.
Botanický ústav AV ČR v.v.i. ,Vědeckovýzkumný úsek Třeboň

1.5/3  Investice bylinných lián do stonků
Anotace: Liány jsou strukturní paraziti, kteří parazitují na strukturách jiných rostlin a tím šetří limitující zdroje. Jak se tato strategie projevuje na rozložení biomasy do různých orgánů? Investují méně do stonků než ostatní byliny? Měření bude probíhat na rostlinách odebraných v přírodě.
Lektor: doc. RNDr. Jitka Klimešová, CSc.
Botanický ústav AV ČR v.v.i.,Vědeckovýzkumný úsek Třeboň

1.6/3  Růstové rychlosti terestrických a vodních masožravých rostlin: srovnání s nemasožravými (práce s literárními údaji)
Anotace: Relativní růstové rychlost (RGR) je důležitou ekologickou charakteristikou každé rostliny, která pomáhá určovat ekologickou strategii rostliny a která je příčinou i důsledkem řady ekofyziologických vlastností rostliny. Obecně se soudí, že masožravé rostliny rostou pomalu jako S stratégové, ale zapomíná se vodní druhy, které naopak rostou velmi rychle, takže tato charakteristika by měla platit jen pro terestrické druhy. Celkově však je dosti málo literárních údajů pro RGR u obou ekologických skupin masožravých rostlin. Cílem této kompilační studie je shromáždit veškeré existující údaje o růstové rychlosti u masožravých rostlin a srovnat terestrické a vodní druhy a tyto údaje srovnat s literárními údaji pro nemasožravé rostliny z literatury.
Lektor: RNDr. Lubomír Adamec, CSc.
Botanický ústav AV ČR v.v.i., Vědeckovýzkumný úsek Třeboň

1.8/3  Mikroflóra nádrží ve sbírce vodních rostlin BÚ
Anotace: Sbírka vodních a bažinných rostlin BÚ AVČR v Třeboni je jednou z významných sbírek Evropy. V řadě nádob s vodními rostlinami žijí samozřejmě i sinice i  řasy a je pozoruhodné, že jsou to často vzácné druhy. Zatím ale chybí systematické zpracování sbírky z pohledu algologického. Výsledky by bylo možno zařadit do katalogu vyšších rostlin. Také pro školy by byla výhodná možnost sebrat si během roku vzorky zajímavých řas pro demonstrace ve škole.
Lektor: RNDr. Jaromír Lukavský, CSc.
Botanický ústav AV ČR v.v.i., Vědeckovýzkumný úsek Třeboň

1.9/3 Srovnání planktonní mikroflóry rybníků Opatovický a Svět
Anotace: Terénní odběry a určování řas v laboratoři.
Lektor: RNDr. Jaromír Lukavský, CSc.
Botanický ústav AV ČR v.v.i.,Vědeckovýzkumný úsek Třeboň

1.10/3 Indukovaná variabilita zelené vláknité řasy Stigeoclonium subsecundum
Anotace: Stigeoclonium subsecundum je běžnou vláknitou řasou eutrofních vod. Pro jeho značnou morfologickou variabilitu by bylo užitečné znát limity, kterých může tento organismus dosáhnout a tím lépe vymezit jeho popis. Laboratorní studie.
Lektor: Mgr. Lenka Caisová
Botanický ústav AV ČR v.v.i. ,Vědeckovýzkumný úsek Třeboň

1.32/3  Zdravotní stav soliterních stromů
Anotace: V české krajině najdeme mnoho soliterních stromů, které naši předkové vysazovali na krajích polí, křižovatkách a jiných významných místech. V sousedství těchto stromů se vystřídaly nejrůznější zemědělské plodiny, navštívilo je každý rok množství nejrůznějšího hmyzu. Mohlo se stát, že strom byl infikován nejrůznějšími patogeny a stal se postupně jejich rezervoárem. Chceme prostudovat zdravotní stav několika vybraných soliterních stromů z hlediska obsahu rostlinných virů. Základní testovací metodou bude namnožení úseků virových genomů in vitro pomocí specifických oligonukleotidů, jejich sekvenování a identifikace srovnáním se světovými databázemi.
Lektor: doc. RNDr. Karel Petrzik, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav molekulární biologie rostlin, České Budějovice

1.33/3 Fyziologie hmyzu - studium hmyzích metabolických hormonů
Anotace: Projekt se zabývá studiem úlohy hmyzích stresových tzv. adipokinetických hormonů (AKH), které ovlivňují především hmyzí metabolismus a procesy s ním související. Jako modelový druh slouží ploštice ruměnice pospolná (Pyrrhocoris apterus), saranče stěhovavá (Locusta migratoria) a předpokládá se také využití některých volně žijících druhů ploštic. Experimentální část bude zaměřena na studium vlivu AKH na mobilizaci energetických zdrojů, vliv na příjem potravy a trávicí procesy, reprodukci případně bude studovat vztah AKH k jiným hmyzím hormonům.
Lektor: doc. RNDr. Dalibor Kodrík, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Entomologický ústav, České Budějovice

1.34/2 Dynamika a evoluční ekologie dravého vodního hmyzu (analýza dat)
Anotace: Kdo je dravec a kdo je kořist? Dravý vodní hmyz (vodní brouci, ploštice, larvy vážek) představuje v malých vodních nádržích bez ryb často vrcholové predátory, ale jejich vzájemné potravní vztahy jsou málo známy. Úkolem stáže bude seznámit se s hlavními představiteli těchto zajímavých bezobratlých a rozborem vybraných vzorků z probíhajících terénních studií určit, nakolik si jednotlivé skupiny predátorů mohou konkurovat v přírodě.
Lektor: Ing. David Boukal, Ph.D.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Entomologický ústav, České Budějovice

1.35/3 Matematické modelování v populační a evoluční ekologii vodních bezobratlých
Anotace: Matematické modely patří mezi moderní nástroje evoluční ekologie. V návaznosti na další aktivity školitele a jeho pracoviště (včetně řady spoluprací se zahraničím) stážista/stážistka vytvoří jednoduchý simulační model životní cyklu vybrané skupiny vodních bezobratlých (varianty: jazyk C, C++, R, program Mathematica).
Lektor: Ing. David Boukal, Ph.D.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Entomologický ústav, České Budějovice

1.39/3 Ekologie herbivorního  hmyzu  na vrbách
Anotace: Věčný souboj rostlin s herbivorním hmyzem patří k nejvýznamnějším ekologickým vztahům na naší planetě a tímto tématem se zabývá řada vědců. Tradičně se za nejdůležitější faktor ovlivňující potravní specializaci herbivorního hmyzu považuje chemické složení rostlin. V poslední době přibývá i řada prací zkoumající vliv fylogeneze hostitele. Kvantitativně byly však podobné výzkumy realizovány především v tropech a z mírného pásu je k dispozici překvapivě málo dat. Cílem naší práce tak bude je získat. Výzkum probíhá na vrbách, které jsou po chemické stránce velmi dobře chráněné a zároveň jsou i naším nejbohatším rodem stromů. To nám umožňuje studium a porovnání vlivu příbuznosti a chemického složení na herbivorní hmyz (v našem případě brouky, motýli a pilatky). Ke získání výsledků budeme používat moderní molekulární metody a statistické analýzy, jejichž znalost se vám v budoucnu určitě neztratí. Zároveň si ale užijeme i klasické entomologie při určování sebraného hmyzu a na své si dozajista přijdou i ti, kdo dávají před lezoucími breberkami přednost rostlinám.
Lektor: Bc. Martin Volf
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Entomologický ústav, České Budějovice

1.40/3 Ekologie koprofágních brouků
Anotace: Na koprofágní brouky je nahlíženo různě, některým lidem se hnusí, někteří se nad jejich životem pousmějí. Najdou se však i lidé, kteří proniknou skrze konzervativní oponu lidského názor o podřadnosti těchto tvorů pracujících s fekálním materiálem. A právě tito lidé dnem ode dne více žasnou nad pozoruhodným chováním těchto zajímavých zvířat. Stejně tak činili staří Egypťané a desítky vědců po nich. Náplní kurzu bude včetně základní ekologie také etologie – především o spolupráci partnerů a péči o potomstvo, a také vztah těchto brouků k lidem – náboženský, parazitický a shrnutí spolupráce mezi lidmi a těmito brouky.V praxi probíhá výzkum na sukcesi, tj. jak se mění společenstvo tuzemských brouků v rámci potravního zdroje - zkoumání závislostí výskytu brouků na možné konkurenci mezi druhy, které mají stejné nároky.
Lektor: František Sládeček
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Entomologický ústav, České Budějovice

1.45/3 Mikrobiální aspekty tvorby tzv. skleníkových plynů v půdě a emise těchto plynů do atmosféry
Anotace: Půdy představují významný zdroj skleníkových plynů. Tato problematika se studuje v Ústavu půdní biologie BC AV ČR již dlouhou dobu, a to jak v rámci projektů GA ČR a GA AV ČR, tak i ve spolupráci s podobně orientovanými zahraničními pracovišti. Student se stane členem výzkumného týmu, který řeší problematiku tvorby a spotřeby metanu v půdě a v suchozemském ekosystému a problematiku emisí metanu, oxidu dusného a oxidu uhličitého. Podle znalostí a schopností studenta bude definován přiměřeně náročný podprojekt, který se student pokusí vyřešit pod vedením vědeckého pracovníka. Cílem je, aby student poznal hlavní zásady vědecké práce, naučil se provádět vybrané analýzy a byl schopen získané výsledky zpracovat a vyhodnotit. Za pomoci vedoucího na závěr připraví prezentaci výsledků a jejich interpretaci. K tomu student prostuduje přidělenou literaturu a sepíše krátkou zprávu o svém podprojektu, případně připraví jiné výstupy podle požadavků programu.
Lektor: prof. Ing. Miloslav Šimek, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav půdní biologie, České Budějovice

1.46/3 Ekologické vazby půdních vířníků (Rotifera)
Anotace: Půdní vířníci (Rotifera) jsou skupinou organismů, běžně se vyskytující prakticky ve všech typech půd, kde žijí semiakvatickým způsobem života (hydrobionti). Druhová diversita a abundance půdních populací závisí na mnoha ekologických faktorech, mimo jiné i na půdní vodě a teplotě. Cílem práce je zjistit početnost a druhové složení společenstva na dané lokalitě a hledat jejich souvislost s ekologickými podmínkami prostředí, především s vlhkostí a teplotou.
Lektor: RNDr. Miroslav Devetter, PhD.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav půdní biologie, České Budějovice

1.47/3 Role želvušek (Tardigrada) v půdních společenstvech
Anotace: Želvušky (Tardigrada) patří mezi typické organismy půdy, mechu a rozkládající se organické hmoty. Jsou převážně dravé a za nepříznivých podmínek přecházejí do stavu anabiózy. Cílem práce je rozbor taxonomického složení společenstva na zvolené lokalitě, zjištění jejich početnosti a změn během zvoleného časového úseku. Vzorky z terénu budou extrahovány pomocí Baermannových nálevek vytvořeny trvalé preparáty a determinovány.
Lektor: RNDr. Miroslav Devetter, PhD.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav půdní biologie, České Budějovice

1.48/3 Sekundární sukcese společenstev půdních roztočů – pancířníků (Acari: Oribatida)
Anotace: Půdní roztoči ze skupiny pancířníci se podílejí přímo nebo nepřímo na všech hlavních procesech probíhajících v půdě, jsou významnými stimulátory a vektory kolonizace půdy půdní mikroflorou. Hrají významnou roli v koloběhu živin a stimulaci sukcese půdních hub. Významně napomáhají sekundární dekompozici rostlinných zbytků. Výskyt v široké škále prostředí ve vysoké druhové diversitě činí z pancířníků velmi dobrý referenční materiál pro studium přirozených sukcesních změn biotopů, ale také pro bioindikaci změn v půdě způsobených činností člověka. Student se v průběhu práce seznámí s metodikou odběrů půdních vzorků, jejich extrakce na Tullgrenových fototermoeklektorech a naučí se základům determinace druhů osidlujících různá stadia sekundární sukcese na dlouhodobě sledovaných plochách. Schopnost determinace pancířníku bude moci dále využít v bioindikačních studiích vlivu lidské činnosti na přírodu.
Lektor: RNDr. Josef Starý, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav půdní biologie, České Budějovice

1.49/3 Ekologie, potravní vztahy a rozkladná činnost mnohonožek (Diplopoda)
Anotace: Mnohonožky (třída Diplopoda) jsou většinou drobní bezobratlí živočichové. Tělesné rozměry našich zástupců se pohybují od několika milimetrů do 3 až 4 cm. Pro mnohonožky je v převážné většině charakteristické protáhlé tělo tvořené větším počtem článků (v dospělosti 19 až 60 i více), přičemž většina z nich nese dva páry kráčivých končetin. Mnohonožky obývají svrchní vrstvy půdy, rostlinný opad, tlející dřevní hmotu, mohou být nalézány i pod kůrou. Jsou charakteristické především pro lesní půdy, nevyhýbají se však ani travnatým biotopům a orným půdám. Řada druhů proniká i do zahrad a skleníků a občas se stává, že se substrátem bývají přeneseny i do terárií a květináčů v bytech. Živí se převážně mrtvým organickým materiálem rostlinného původu, tj. opadem bylin, travin a dřevin i rozkládajícím se dřevem. Mohou selektivně spásat např. nárosty mikroskopických hub, živí se i dalšími půdními mikroorganismy. Některé druhy požírají i zbytky živočišných těl nebo živé tkáně rostlin. Mnohonožky významně přispívají k rozkladu odumřelé organické hmoty, především rostlinného opadu v lesních ale i v lučních ekosystémech. Tento materiál především rozmělňují a částečně natravují a napomáhají jeho přemísťování v nejsvrchnějších vrstvách půdy. Do značné míry využívají jako potravu přítomné mikroorganismy a svojí aktivitou stimulují mikrobiální procesy v opadu a půdě. Mnohonožky jsou tedy významné v rozkladných a půdotvorných procesech. Jejich potravní a rozkladnou aktivitu lze poměrně dobře sledovat v laboratorních podmínkách, ať už jde o pouhé mechanické rozmělňování opadu, selektivní výběr potravy, změny v potravních nárocích během životního cyklu, produkci snadno detekovatelných exkrementů, či složitější vztahy s ostatními půdními organismy.
Lektor: RNDr. Karel Tajovský, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav půdní biologie, České Budějovice

1.50/3 Biologie, ekologie a fyziologie půdních řas a sinic
Anotace: Řasy a sinice patří mezi velmi důležité, ale stále ještě málo známé půdní organizmy. Studenti si budou moci vybrat dle jejich zájmu témata v rámci následujících okruhů. Analýza společenstev řas a sinic v půdách extrémních biotopů (např. polárních, pouštních, výsypky, jeskyně, apod.) a jejich úloha při kolonizaci nově vzniklých substrátů (odběry vzorků, kvantifikace, izolace, kultivace a identifikace řas a sinic, světelná a fluorescenční mikroskopie). Studium životních cyklů (morfologická variabilita, rozmnožování) významných či nových druhů. Studium růstových limitů (min., max., optima) a mechanizmů přežívání vybraných druhů řas a sinic izolovaných z různých klimatických oblastí (polární, tropické, mírné pásmo) pomocí aparatury zkřížených gradientů teploty, světla, živin. Řasy sinice jako potrava půdních bezobratlých živočichů-laboratorní i terénní potravně preferenční pokusy. Studium tolerance řas k extrémně nízkým teplotám včetně ultra-nízkých teplot (minus 196°C) používaných při uchovávání organizmů v tekutém dusíku (kryoprezervace), mechanizmy stresu, kryomikroskopie.
Lektor: Ing. Alena Lukešová, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav půdní biologie, České Budějovice

1.51/3 Role půdních organismů na výsypkách po těžbě uhlí
Anotace: Dlouholeté výzkumy na výsypkách po těžbě hnědého uhlí na Sokolovsku ukazují, že nejen rozvoj vegetace ale i osidlování výsypek půdní faunou může významným způsobem ovlivnit rozvoj půd a tím i fungování celého ekosystému. Například sukcese vegetace na výsypkách je do značné míry určována jejich kolonizací žížalami. Student bude v průběhu stáže sledovat, jak půdní organismy výsypky osidlují a co tam dělají.
Lektor: doc. Ing. Mgr. Jan Frouz, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Ústav půdní biologie, České Budějovice

1.59/3 Elektronová mikroskopie v biologii
Anotace: Mikroskopické techniky patří k základním nástrojům v biologickém výzkumu. Elektronové mikroskopy vynikají maximálními hodnotami zvětšení a rozlišení, ale vyžadují bezvodé suché vzorky. To znamená, že je nezbytné je před vlastním prohlížením vody zbavit a to buď sušením nebo její přeměnou v led. Tyto úpravy často vedou k poškození buněčné ultrastruktury a tvorbě nejrůznějších artefaktů. Proto jsou navrhovány nové typy elektronových mikroskopů, které by umožnily prohlížet biologické preparáty blíže nativnímu stavu. Do této skupiny patří i stolní nízkonapěťový elektronový mikroskop LVEM 5, jehož autor, prof. Armin Delong, byl za jeho konstrukci oceněn titulem Česká hlava. Cílem stáže je porovnat ultrastrukturální vzhled savčí buňky připravené pro nízkonapěťový elektronový mikroskop pracující s urychlovacím napětím 5 kV a pro rutinní biologický transmisní elektronový mikroskop, který používá urychlovací napětí 80 kV.
Lektor: Ing. Jana Nebesářová, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Parazitologický ústav, České Budějovice

1.72/3 Analýza mastných kyselin sinic
Anotace: Student se seznámí s metodami kultivace, extrakce a přípravy vzorku pro následnou analýzu složení mastných kyselin pomocí spojení plynové chromatografie s hmotnostní spektrometrií u vybraných tříd sinic. Cílem je zmapování zastoupení různých mastných kyselin obsažených v některých třídách sladkovodních sinic.
Lektor: Ing. Jiří Kopecký, CSc.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Opatovický mlýn, Třeboň
 

1.73/3  Bioakumulace prvků vzácných zemin zelenými řasami, vliv na jejich fyziologii a buněčný cyklus
Anotace: Prvky vzácných zemin (REEs) podporují, ve vhodných koncentracích, fyziologické funkce rostlin. Stimulují růst, zvyšují obsah chlorofylu a fotosyntetickou rychlost, ovlivňují příjem živin, zvyšují obsah jiných prvků a stabilizují cytoskelet rostlin. V současné době jsou REEs využívány také v živočišné produkci. Zvyšují váhový přírůstek a produkci mléka a vajec. Obsah REEs v koncových produktech je přitom velmi nízký.V rámci tohoto projektu budeme studovat vliv REEs na fyziologii jednobuněčných zelených řas na modelových organizmech Chlamydomonas a Scenedesmus. Budeme analyzovat příjem a akumulaci REEs v buňkách řas; měřit fotosyntetickou aktivitu a základní biochemické charakteristiky jako celkový obsah DNA, RNA, proteinů, chlorofylu, škrobu atd. Zároveň budeme sledovat parametry buněčného cyklu, jako jsou délka cyklu a jeho fází, buněčné a jaderné dělení, buněčná velikost a dynamika cytoskeletálních struktur. Kvalitativní a kvantitativní analýza látek s REEs a testy toxicity budou také důležitou součástí projektu.
Lektor: Dr. Milada Vítová
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Opatovický mlýn, Třeboň
 

1.74/3 Biologicky aktivní látky sinic
Anotace: Student se seznámí s metodami kultivace, extrakce, biologických testů a chemické analýzy složení biomasy vybraných druhů sinic. Cílem je vyhledávání látek s cytotoxickou aktivitou obsažených v sladkovodních sinicích
Lektor: Ing. Jiří Kopecký, CSc.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Opatovický mlýn, Třeboň

1.76/3 Chování a růst mutantů buněčného cyklu zelených řas
Anotace: Buněčný cyklus je jednou z nejrychleji se rozvíjejících oblastí současné biologie. Většina našich současných znalostí o buněčném cyklu byla umožněna díky produkci podmíněných mutantů buněčného cyklu, které byly v průběhu sedmdesátých let minulého století vytvořeny nejdříve Lelandem Hartwellem Saccharomyces cerevisiae v a posléze Paulem Nursem v Schizosaccharomyces pombe, v roce 2001 jim za tento objev byla udělena Nobelova cena. Cílem projektu je podrobná analýza nově získaných teplotně sensitivních mutantů buněčného cyklu u zelené řasy Chlamydomonas reinhardtii. Student se seznámí s kultivací zelených řas, sledováním jejich růstu a s regulací buněčného cyklu, naučí se a bude rutinně používat základní mikroskopické techniky, pomocí praxe pochopí základní genetická pravidla o rozdílech mezi mutanty a divokými kmeny.
Lektor: RNDr. Kateřina Bišová, Ph.D.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Opatovický mlýn, Třeboň

1.77/3 Role růstových podmínek pro stimulaci ochranných procesů u exotických druhů řas
Anotace: Student se seznámí s metodami kultivace fotosyntetických mikroorganismů původem z různých oblastí světa (mořské, sladkovodní). V průběhu kultivace bude sledovat roli nedostatku některých minerálů (např. hořčík, železo) nebo zvýšené ozářenosti na stimulaci obranných procesů chránících řasy před vysokým světlem. Student bude moct vyžít metod optické a fluorescenční mikroskopie pro sledování těchto změn na úrovni jedné buňky.
Lektor: Mgr. Radek Kaňa Ph.D.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Opatovický mlýn, Třeboň
 

1.78/3 Změny buněčného cyklu zelených řas způsobené změnou teploty a světelných podmínek
Anotace: Růst a buněčný cyklus zelených řas je velmi výrazně ovlivňován jak teplotou, tak světelnými podmínkami. Student se seznámí s metodami kultivace řas a s metodami analýzy buněčného cyklu. V průběhu kultivace bude sledovat vliv různé teploty, světelné intenzity a barvy světla na růst a dělení zelených řas. Pro svou prácí si osvojí a bude rutinně používat metody optické a fluorescenční mikroskopie.
Lektor: Mgr. Mária Čížková, PhD.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i., Opatovický mlýn, Třeboň

1.80/3 Problematika ekologického pěstování jahodníku
Anotace: Stážista se seznámí s problematikou produkce jahodníku velkovýrobním způsobem a zásadami produkce v ekologickém zemědělství. V experimentální části stáže se praktikant zapojí do hodnocení kvalitativních a kvantitativních znaků rostlin a plodů jahodníku, pěstovaných v ekologickém režimu produkce
Lektor: Ing. Stanislav Boček, Ph.D.
Mendelova univerzita v Brně, Zahradnická fakulta, Lednice

1.81/3 Ekologická produkce zeleniny
Anotace: Cílem projektu je hodnocení systémů ekologické produkce zeleniny. Prvním hlediskem jsou kvalitativní parametry (srovnání nutričních a antinutričních látek u jednotlivých druhů a odrůd), druhým hlediskem technologická stránku bioprodukce (biologická ochrana, zvyšování biodiverzity na ekofarmě, agrotechnika). Práce bude probíhat na pozemku certifikovaném pro ekologické zemědělství, který je součástí výzkumných ploch Zahradnické fakulty v Lednici.
Lektor: Ing. Tomáš Kopta
Mendelova univerzita v Brně, Zahradnická fakulta, Lednice

1.83/3 Analýza nutričních vlastností zeleniny
Anotace: Cílem bude provést analýzy významných obsahových látek v zelenině, případně léčivých rostlinách. Práce bude zaměřena na vitaminy, minerální složky, ale také na antinutriční látky (dusičnany). Bude hodnocen vliv druhový, odrůdový a také vliv pěstebních podmínek a zásahů na nutriční hodnotu zeleniny. Stáž bude probíhat od února 2011.
Lektor: Doc. Ing. Robert Pokluda, Ph.D.
Mendelova univerzita, Zahradnická fakulta, Lednice

1.84/3 Hodnocení vlastností genofondu okrasných sortimentů (květin)
Anotace: Projekt bude probíhat na sbírkách ZF v Lednici – konkrétně na sortimentech vybraných druhů trvalek (Iris, Hemerocalis, Bergenia, Aster, Sedum) či letniček (Cana, Symphiotrichum). V projektu budou hodnoceny morfologické vlastnosti rostlin (výška,délka, plocha listu, květu, doba kvetení) digitálními měřidly, planimetry, dále pomocí RHS barevného vzorníku budou hodnoceny barvy jednotlivých částí rostlin. Bude vyhodnocován stupeň napadení chorobami a škůdci a druhové spektrum patogenů a poškození mrazem.Budou připravovány vzorky k chemickým rozborům na obsahové látky (irony u Iris, etylen u Hemerocallis), testována klíčivost osiva.
Lektor: Ing. Pavol Kaššák
Mendelova univerzita v Brně, Zahradnická fakulta, Lednice

1.90/3 Použití spektrálně optických metod při studiu fyziologického stavu rostlin
Anotace: V rámci této odborné stáže se předpokládá zapojení studenta do aktivit spojených s řešenou problematikou v rámci vědeckých projektů na Oddělení biofyziky katedry fyziky Ostravské univerzity. V současné době je velmi diskutovanou problematikou otázka globálních změn klimatu spojených se změnou koncentrace skleníkových plynů v atmosféře, kdy mezi průvodní jevy mimo jiné patří zvyšování celkového množství dopadající radiace včetně její ultrafialové složky, nárůst teploty zemského povrchu, změna koloběhu vody v přírodě a jiné. Ve své práci se student blíže zaměří především na otázku změn radiačního prostředí a jejich vliv na vyšší rostliny. Jednou z možností, jak sledovat tyto vlivy, je nedestruktivní měření optických vlastností charakterizujících interakci zkoumaného materiálu s dopadajícím zářením a to na úrovni celé rostliny či jejich jednotlivých částí. Mezi těmito postupy zaujímají významné místo metody fluorescenční spektroskopie (emisní a excitační spektra), měření odrazivosti, propustnosti a změn v účinnosti absorpce.
Lektor: RNDr. Martin Čajánek, Ph.D.
Ostravská univerzita, PřF, Katedra fyziky, Ostrava

1.95/3 Molekulární evoluce symbiotických bakterií a jejich koevoluce s hmyzem
Anotace: Velké množství hmyzích druhů žije v symbiotickém vztahu s různými skupinami vnitrobuněčných bakterií. Zcela typicky se tento vztah objevuje u hmyzích skupin živících se potravou chudou na některé důležité látky (např. fytofágní druhy nebo krevsající paraziti). Pomocí metod molekulární biologie lze studovat původ a fylogenetické vztahy symbiontů a důsledky dlouhodobého soužití na evoluci jejich genomu. Projekt zahrnuje laboratorní metody molekulární biologie a fylogenetiky, od izolace DNA a sekvenování vybraných genů po počítačové zpracování dat a jejich evoluční interpretaci.
Lektor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, PřF, České Budějovice

1.98/3 Environmentální projekt ve vybraném regionu
Anotace: V rámci stáže vznikne pod odborným dohledem ucelený environmentální projekt, který se bude zabývat reálným lokálním environmentálním problémem vybraného regionu. Tento projekt může být orientován na ohrožené druhy, problematiku krajiny, energetiku, odpady či další environmentální témata. Součástí projektu bude vypracování studie hodnotící současný stav, jeho příčiny i návrhy možných řešení. Výstupem bude i prezentace, která přehledně shrne vše podstatné formou přístupnou veřejnosti a státní správě.
Lektor: RNDr. Jiří Mach
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, PřF, Katedra botaniky, České Budějovice

1.99/3 Ekologie ryb v nádržích a jezerech
Anotace: Zájemci se seznámí s metodami vzorkování ryb v přehradních jezerech pro zjišťování ekologického stavu a role v ekosystému. V případě zájmu vypracují pod vedením pracovníků HBÚ dílčí studii na nějakém jednoduchém problému (např. věkové složení, analýza kondice, složení plůdku apod.).
Lektor: Doc. RNDr. Jan Kubečka, CSc.
Biologické centrum AV ČR, v.v.i., Hydrobiologický ústav, České Budějovice

1.104/3  Studium vlastností semen buku během klíčního klidu a po předosevní přípravě I.
Anotace: Současné zastoupení buku lesního představuje pouze třetinu plánovaného optimálního zastoupení této dřeviny v našich lesích. Pro zvyšování podílu buku v lesích je nutné využívat  semenáčky vypěstované z bukvic, které však musí být dlouhodobě skladovány.  Buky totiž poskytují semena jen jednou za 6 – 10 let, proto je nutné vytvořit optimální podmínky pro skladování a ošetření semen, aby jejich klíčivost byla zachována po celou tuto dobu. V první části práce budeme studovat závislost mezi základními morfologickými vlastnostmi bukvic a jejich klíčivostí. Ověříme, jak se budou měnit vlastnosti bukvic po aplikaci obvyklých zásahů, které se v praxi používají pro urychlení klíčení (např. působení nízkých teplot); jak se liší bukvice z různých stromů popř. z různých stanovišť. V rámci projektu Otevřená věda II se bude student podílet na  experimentech ověřujících  klíčení bukvic z různých stanovišť, různě skladovaných a různě ovlivňovaných. Morfologii bukvic i klíčních rostlin bude dokumentovat pomocí binokulárního mikroskopu a digitální kamery, bude využívat program NIS-elements (Laboratory Imaging) pro ukládání obrazů i pro obrazovou analýzu. U studenta předpokládáme zájem o rostlinnou biologiii, schopnost rutinní práce s počítačem, pečlivost a spolehlivost.
Lektor: RNDr. Zuzana Vondráková, CSc.
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i., Laboratoř biologicky aktivních látek, Praha 6 – Lysolaje
 

1.105/3  Studium vlastností semen buku během klíčního klidu a po předosevní přípravě II.
Anotace: Současné zastoupení buku lesního představuje pouze třetinu plánovaného optimálního zastoupení této dřeviny v našich lesích. Pro zvyšování podílu buku v lesích je nutné využívat  semenáčky vypěstované z bukvic, které však musí být dlouhodobě skladovány.  Buky totiž poskytují semena jen jednou za 6 – 10 let, proto je nutné vytvořit optimální podmínky pro skladování a ošetření semen, aby jejich klíčivost byla zachována po celou tuto dobu. V druhé části práce budeme studovat vnitřní stavbu bukvic s cílem najít anatomické rozdíly mezi bukvicemi čerstvě sklizenými a skladovanými. Chceme také zjistit, do jaké míry je anatomie semene ovlivněna stanovištěm, vnějšími podmínkami i způsobem skladování. V rámci projektu Otevřená věda II se student naučí základní techniky studia anatomie rostlin. Výsledkem práce bude porovnání struktury semen buku z různých stanovišť a semen různě opracovaných. Anatomické preparáty ze světelného mikroskopu bude snímat pomocí digitální kamery a obrazy bude ukládat pomocí programu NIS-elements (Laboratory Imaging). Tento program bude využívat i pro analýzu obrazu. U studenta předpokládáme zájem o rostlinnou biologiii, schopnost rutinní práce s počítačem, pečlivost a spolehlivost.
Lektor: Mgr. Kateřina Eliášová, PhD.
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i., Laboratoř biologicky aktivních látek, Praha 6 – Lysolaje

1.106/3  Výroba bílkovin „na klíč“
Anotace: Kvetoucí rostliny nemají pohyblivé pohlavní buňky, jako jsou spermie živočichů. Jejich oplození probíhá jinak: na bliznu květu dopadne pylové zrno a z něj vyroste vláknitý útvar zvaný láčka. Ta proroste k vajíčku a dopraví do něj samčí pohlavní buňky. Každý květ je opylen mnoha pylovými zrny. Jen pohlavní buňky v nejrychleji se prodlužujících láčkách mají šanci oplodnit vajíčka. Pylová zrna se proto na svůj „dostih“ připravují v předstihu a některé potřebné látky, zejména bílkoviny, vyrábějí do zásoby. Instrukce pro sestavení konkrétní bílkoviny jsou uloženy v příslušném genu, což je úsek DNA v buněčném jádře. Informace z DNA je „kopírována“ do molekuly mRNA, která má funkci jakéhosi poslíčka: putuje ven z jádra a na ribozómech se pak podle ní vytvářejí molekuly dané bílkoviny. Již dlouho je známo, že během zrání pylových zrn se hromadí některé druhy mRNA, které se shlukují s dalšími biologickými molekulami do speciálních částic (EPP). Ty jsou v buňce uskladněny a k produkci bílkovin použity teprve po dopadu pylu na bliznu. Jejich přesné složení a funkce v pylu však zatím nejsou zcela známy. Původně se předpokládalo, že EPP částice slouží výhradně ke skladování mRNA, případně k její dopravě, třeba do špičky rostoucí láčky. Teď víme, že hrají daleko zásadnější, poměrně unikátní roli: přímo v nich se patrně také vytvářejí a dále upravují molekuly bílkovin, a to v přesně určených časech a místech uvnitř buňky. Studované částice tedy nejsou molekulární analogií pouhého nákladního auta převážejícího stavební materiál. Lze je spíše přirovnat k firmě dodávající stavby na klíč, která si přiveze materiál i řemeslníky a všechny práce provede na stanoveném místě v dohodnutém termínu. V rámci projektu Otevřená věda II se student bude podílet na charakterizaci skladovaných EPP částic. Projekt bude zahrnovat jak „mokrou“ práci v laboratoři, tak počítačové analýzy získaných dat.
Lektor: RNDr. David Honys, Ph.D.
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i., Laboratoř biologie pylu, Praha 6 – Lysolaje

1.107/3  Způsoby studia a fyziologický význam rostlinných hormonů typu cytokininů při řízení růstu a vývoje rostlin
Anotace: Látky hormonální povahy nejsou výsadou člověka a zvířat. Své hormony, tedy látky regulující fyziologické a vývojové pochody, mají i rostliny. Důležitými hormony rostlin (tzv. fytohormony) jsou cytokininy. Tyto látky mimo jiné stimulují buněčné dělení, podporují rašení pupenů, zpomalují stárnutí listů nebo ovlivňují příjem a využití živin či reakci rostlin na stresy. Naše laboratoř se zaměřuje na poznání regulací hladin cytokininů, a to jak samotných, tak v kombinaci s ostatními fytohormony. Na základě dosavadního studia jsme vytvořili hypotetický experimentální model objasňující zapojení cytokininů do buněčných mechanismů vedoucích k indukci pro rostlinu významných morfogenních procesů a k následnému projevu takto indukovaných změn na úrovni celé rostliny. S využitím kultur rostlinných buněk a pletiv in vitro i intaktních rostlin se v rámci projektu Otevřená věda II student bude spolupodílet na zajímavém a důležitém výzkumu v této oblasti, zúčastní se experimentálního ověřování stávajících a získávání nových originálních poznatků ukazujících významnou úlohu cytokininů při řízení rostlinné morfogeneze a potažmo při ovlivňování produktivity hospodářsky významných plodin. Převážná část práce je experimentálního charakteru a bude probíhat v moderně vybavené laboratoři, součástí bude i počítačové zpracování a vyhodnocování získaných výsledků. U studenta proto předpokládáme základní schopnost práce s běžnými počítačovými programy a zejména zájem o biologii a chemii.
Lektor: Ing. Václav Motyka, CSc.
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i., Laboratoř hormonálních regulací u rostlin, Praha 6 – Lysolaje
 

1.114/2  Vliv přírodních látek na eukaryotní buňky
Anotace: Látky izolované z rostlin a jiných organizmů zaujímají významné postavení mezi léky používanými v terapii nádorů, infekcí, ale i jiných nemocí. Hledání látek, které mají schopnost ovlivnit buněčnou proliferaci je významné především z hlediska perspektivy využití v protinádorové terapii. Skríning extraktů rostlin nebo již izolovaných čistých molekul na antiproliferační aktivitu nádorových buněčných linií stojí na počátku testování. Cílem experimentální práce bude testování antiproliferační aktivity rostlinných extraktů a později i látek z rostlin izolovaných jako jsou např. alkaloidy a lignany. Extrakty a látky z rostlin budou získávány z Biochemického ústavu LF MU. Práce bude zahrnovat kultivaci stabilizovaných lidských nádorových linií, techniky fluorescenční mikroskopie, průtokové cytometrie, SDS-PAGE a Western blotingu.
Lektor: Doc. MUDr. Iva Slaninová, PhD.
Masarykova Univerzita, Lékařská fakulta, Biologický ústav, Brno

1.119/3  Studium interakcí mezi dutinovými pěvci a plchy
Anotace: Dutiny ve stromech poskytují zázemí pro celou řadu živočichů. Mezi ně patří pěvci (sýkory a lejsci) i plši. Ptáci využívají dutiny pro hnízdění na jaře, zatímco plši hlavně v létě. A právě konec hnízdní sezóny ptáků se překrývá s obdobím, kdy se probouzejí plši ze zimního spánku. Docela nedávno byl tento překryv nepatrný, ale v důsledků teplejšího počasí dochází k mnohem časnějšímu ukončení hibernace u plchů, kvůli čemu narůstá počet případů, kdy plši predují ptačí snůšky. Předmětem našeho výzkumu je detailní pochopení mechanismů, jak klima ovlivňuje interakce mezi těmito dvěma skupinami, jaké výhody z toho plynou pro predující plchy a jaké obranné mechanizmy mohou ptáci uplatnit. Výzkum probíhá v lesích Nízkého Jeseníku mezi Šternberkem a Rýmařovem. Student se naučí, jak se v terénu studuje hnízdní biologie ptáků a plchů a bude se moci zapojit do dílčích témat naších terénních studií.
Lektor: Mgr. Peter Adamík, Ph.D.
Univerzita Palackého v Olomouci, PřF, Katedra zoologie a Ornitologická laboratoř, Olomouc

1.120/3  Fluorescenční a konfokální mikroskopie při studiu stresu rostlin
Anotace: Ve vztazích rostlin a mikroorganismů, způsobujících jejich onemocnění, jsou mikroskopické metody důležité pro identifikaci původce choroby i pro studium změn v metabolismu rostlin. Stáž bude zahrnovat seznámení s moderními technikami světelné mikroskopie (fluorescenční a konfokální laserová skenovací mikroskopie), metody pěstování rostlin a očkování mikroskopických hub, přípravu vzorků (barvení fluorochromy, které detekují různé součásti a molekuly v buňce) až po počítačové zpracování digitálních snímků.
Lektor: Doc. RNDr. Michaela Sedlářová, PhD.
Univerzita Palackého v Olomouci, PřF, Katedra Botaniky, Olomouc-Holice